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RSS订阅原创 批量进行正态性检验
在选取pearson和spearman方法检验数据时，比较严谨的做法是对数据提前进行正态性检验，本文就借用if循环实现了对数据的批量检验。初始data数据格式这样，就是要检验A,B,C,D.....的正态性。最后展示出来就是这样啦。
2024-05-11 22:48:20
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原创 只保留表格某一列
在选取数据框某几列的时候，用data=data[1:4,]等代码就能完成，但是如果只保留一列就会发现行名也会消失，就像这样。
2024-05-10 09:51:17
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原创 Genus水平的共现网络图
平时常用的共现网络分析是OTU或者ASV水平的，但是有时候OTU太多的话，比如1000个左右，就要花费5个小时，大批量作图的话比较费时，因此考虑能不能用Genus水平代替OTU水平进行展示。
2024-05-09 12:12:41
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原创 R语言组图——R语言里面作图或者导入图片
在用R语言做完图之后要想放在论文里，就需要把不同的图组合起来，尝试过用PPT，以及在Word里，效果都不太好，因此试着在R里组图（它的优势在于调图片清晰度比较方便）总而言之，涉及的代码就是ggarrange函数（作用是组图）和annotate_figure函数(作用是加标题)这两句，灵活反复运用就行了。在做的过程中我觉得比较有趣的一点就是①先组图再加标题还是②先加标题再组图 ，或者③加标题再组图，再加总的标题。如标题所示，包括①R里面做出的图以及②已经导出为PNG格式的图片。
2024-03-30 16:34:31
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原创 求非对称任意两列相关性及显著性
此段代码需要调整的是cor()和cor.test()函数的参数，确定其皮尔逊相关性/斯皮尔曼相关性，排除个案用什么方法，可信区间多少等，依据个人分析需要进行修改。②还要注意求相关性的变量放在行，即A,B,C,D,...(具体替换操作可以参考这个。略做学习记录，欢迎批评指正。①要注意空格要用NA替代。
2024-02-22 17:22:34
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原创 把第一列改成行名
在写这个标题的时候，突然意识到竖着的第一列（1 2 3 4...浅灰色部分）就是叫做行名啊😓。并且代码用的是row.names()而不是colnames()（又被自己蠢到）怪不得搜索“把第一列改成列名”的时候推荐的都是“把第一列改成行名”类似于上图这个，把第一列变成行名。
2024-02-21 09:49:51
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原创 注释表中提取特定的OTU注释行
起因是笔者选取了otu table中的部分otu，另外有全部otu的注释表(taxonomy)，有些分析需要保证otu table中的otu数目和taxonomy中otu数目一致，不然就会出现以下报错。所以目的就是筛选taxonomy中的ASV，让它跟otu表格是能对应上的。略做学习记录，欢迎交流指正。接下来是我原始的数据格式。taxonomy表格。
2024-02-20 11:43:53
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原创 R语言自动整理Phylum水平丰度表
不知道有没有小伙伴跟我一样，拿着otutable和taxonomy注释文件，不知道怎么整理成每种Phylum对应多少样本数量。（之前在Excel中手动计算，工作量真的好大，之后便学着改代码。果然，懒也是生产力）之后就整理成Phylum水平的丰度表啦。还是做一个学习记录，欢迎多多交流。
2024-01-11 14:48:27
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原创 gephi里做多个图，保证图例相同颜色表示相同种类
在做共现网络分析的时候会在R语言里跑出来.graphml文件，包含node和edge属性，按理说之后导入Gephi，按照Phylum(微生物的门水平)对node进行着色就行了，但是如果跑多个图的话，就会发现每次不同的Phylum对应的颜色都不一样。这个代码看着复杂，但是思路很简洁，就是ifelse(条件，color列填充什么内容，不然color列填充什么内容)，一直在括号里套ifelse语句就行了，这里Phylum和颜色我是随便选择的，根据自己需要再做修改就行了。node$color=NA #添加新列。
2024-01-10 15:07:35
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空空如也
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