SWISS-MODEL同源建模服务器和知识库快速入门.PDF
SWISS-MODEL 同源建模服务器和知识库快速入门
http ://
以下是对 SWISS-MODEL ,一个同源建模服务器和已注释的蛋白质三维结构同源模型
的知识库的介 。
本指南帮助读者快速浏览 SWISS-MODEL 的功能。我们希望读者已经掌握了关于蛋白
质结构和同源建模方法的基础知识。
同源建模
同源建模 (比较建模)是 目前唯一能够从蛋白质的氨基酸序列 (目标序列)出发,建
立 3D 模型的计算方法。
建立一个成功的模型需要至少一个已经通过实验测定的蛋白质3D 结构 (称为 “模板
”,即temp late ),并且该蛋白质的氨基酸序列应与目标序列有显著的相似性。以模板作为
scaffold target sequence
台架 ( )基础,对 目标序列 ( )进行建模,其步骤是:选择模板,
目标与模板的联配,建立模型,评估,循环重复,直到得到一个满意的模型为止。
SWISS-MODEL :提交方式
SWISS-MODEL 是一个 自动化的蛋白质比较建模服务器,可以通过ExPASy 服务器的
web 界面免费访问:
http ://
DeepView(Swiss Pdb-Viewer) DeepView
或通过程序 访问。 是一个整合工具,用于观察和分
( http :///spdbv )
析蛋白质结构和模型。
该服务器提供用户三种模式可选择:
: Swiss-Prot/TrEMBL (
First approach mode (简捷模式) 用于建模的氨基酸序列或是
http ://www ./sprot ) accession web
编 目号 ( )可以直接通过 界面提交。服务器会完
全 自动地为目标序列建立模型。
用户可以选择指定模板结构,模板可以来 自由PDB 数据库 ( http ://www.pdb .org )抽
取得到的内建模板库,也可以上传PDB 格式的坐标文件。
:
Alignment mode (联配模式) 这个模式需要多序列联配的结果,序列中至少包括 目
标序列和模板。服务器会基于比对结果建模。用户需要指明哪一条序列作为目标序列,哪一
条又作为模板。
Project mode(项目模式): 这种模式允许用户提交经过手工优化的请求给服务器 。
DeepView 被用来建立一个项 目文件,它包含了模板结构,以及 目标序列与模板的联配结
果。这个结果也要上传到服务器。这种方式提供对建模过程中细节的控制,例如选择不同的
模板,手工编辑 目标序列和模板的联配结果,以便正确地定下插入和删除的位置。项 目模
式还能够用于重复改进First Approach mode 的结果。
复合蛋白的模型在 SWISS-MODEL 可以以项目模式创建。复合模板结构 (带不同链的
ID DeepView FASTA DeepView
)被载入 。 格式的目标序列被导入 ,格式中包含的序列顺序,
应该与原聚体的模板中以分号隔开的序列顺序保持一致:
>ModelName
PROTOMERSEQUECE;PROTOMERSEQUENCE
在 DeepView 中对 目标序列和模板进行联配,并手工编辑初始的联配结果后,完整的
项 目文件被提交给服务器。
SWISS-MODEL :结果和评
SWISS-MODEL 通过电子邮件返回一份 日志文件,它记录了服务器的所有行为和模型
的坐标。有两个输出选项可供指定:
DeepView( Swiss Pdb-View ) mode (DeepView 模式):以DeepView 项 目文件的方式
返回模型和模板;