文档服务器建模,SWISS-MODEL同源建模服务器和知识库快速入门.PDF

SWISS-MODEL同源建模服务器和知识库快速入门.PDF

SWISS-MODEL 同源建模服务器和知识库快速入门

http ://

以下是对 SWISS-MODEL ，一个同源建模服务器和已注释的蛋白质三维结构同源模型

的知识库的介 。

本指南帮助读者快速浏览 SWISS-MODEL 的功能。我们希望读者已经掌握了关于蛋白

质结构和同源建模方法的基础知识。

同源建模

同源建模 (比较建模)是 目前唯一能够从蛋白质的氨基酸序列 (目标序列)出发，建

立 3D 模型的计算方法。

建立一个成功的模型需要至少一个已经通过实验测定的蛋白质3D 结构 (称为 “模板

”，即temp late )，并且该蛋白质的氨基酸序列应与目标序列有显著的相似性。以模板作为

scaffold target sequence

台架 ( )基础，对 目标序列 ( )进行建模，其步骤是：选择模板，

目标与模板的联配，建立模型，评估，循环重复，直到得到一个满意的模型为止。

SWISS-MODEL ：提交方式

SWISS-MODEL 是一个 自动化的蛋白质比较建模服务器，可以通过ExPASy 服务器的

web 界面免费访问：

http ://

DeepView(Swiss Pdb-Viewer) DeepView

或通过程序 访问。 是一个整合工具，用于观察和分

( http :///spdbv )

析蛋白质结构和模型。

该服务器提供用户三种模式可选择：

: Swiss-Prot/TrEMBL (

First approach mode (简捷模式) 用于建模的氨基酸序列或是

http ://www ./sprot ) accession web

编 目号 ( )可以直接通过 界面提交。服务器会完

全 自动地为目标序列建立模型。

用户可以选择指定模板结构，模板可以来 自由PDB 数据库 ( http ://www.pdb .org )抽

取得到的内建模板库，也可以上传PDB 格式的坐标文件。

:

Alignment mode (联配模式) 这个模式需要多序列联配的结果，序列中至少包括 目

标序列和模板。服务器会基于比对结果建模。用户需要指明哪一条序列作为目标序列，哪一

条又作为模板。

Project mode(项目模式): 这种模式允许用户提交经过手工优化的请求给服务器 。

DeepView 被用来建立一个项 目文件，它包含了模板结构，以及 目标序列与模板的联配结

果。这个结果也要上传到服务器。这种方式提供对建模过程中细节的控制，例如选择不同的

模板，手工编辑 目标序列和模板的联配结果，以便正确地定下插入和删除的位置。项 目模

式还能够用于重复改进First Approach mode 的结果。

复合蛋白的模型在 SWISS-MODEL 可以以项目模式创建。复合模板结构 (带不同链的

ID DeepView FASTA DeepView

)被载入 。 格式的目标序列被导入 ，格式中包含的序列顺序，

应该与原聚体的模板中以分号隔开的序列顺序保持一致：

>ModelName

PROTOMERSEQUECE;PROTOMERSEQUENCE

在 DeepView 中对 目标序列和模板进行联配，并手工编辑初始的联配结果后，完整的

项 目文件被提交给服务器。

SWISS-MODEL ：结果和评

SWISS-MODEL 通过电子邮件返回一份 日志文件，它记录了服务器的所有行为和模型

的坐标。有两个输出选项可供指定：

DeepView( Swiss Pdb-View ) mode (DeepView 模式)：以DeepView 项 目文件的方式

返回模型和模板；