虚拟筛选服务器,SwissSimilarity:基于配体的虚拟筛选在线服务器

SwissSimilarity是Swiss系提供的一个基于配体的虚拟筛选在线服务器。

主要的用途我觉得包含几个方面，1)一个是比如有一个小分子，需要找寻它潜在的靶标位点，作为一个找靶。2)另外一个是你有一个已知的靶点小分子，但是它的性能可能不好，你需要对其母环改造，那么可以进行骨架跃迁。3)还有一个应用就是你有一系列已知作用靶标的化合物，想找类似物进行合成优化，那么也可以进行LBVS进行初筛。当然限于我的知识面的原因，可能还有其他许多应用欢迎小伙伴们提出。

虚拟筛选(Virtual screening, VS)一般可以分为受体基础(RBVS)和配体基础(LBVS)两种方法，其中RBVS又可以称做结构为基础的虚拟筛选(SBVS)，通常是对目标大分子进行对接筛选。LBVS则是通过分子相似性来和已知活性化合物相互比较。

分子描述方法简介

SwissSimilarity的工作则主要是基于LBVS方法，理论基础是相似性的分子拥有相似的生物活性，对于相似性的评判标准主要是通过分子描述，分子描述主要可以分为1维，2维或3维，三类(1D，2D,3D)，下面主要介绍一下:

1D方法主要是1D-描述，如一些分子或者物理化学全局参数，例如分子体积，氢键供体/受体数量等等，其主要应用于数据库的清洗或者特别的项目标准(如：复合物可以跨越血脑屏障)，SMINA教程以CDPK1为例中所提到的诱饵数据库Database of Useful Decoys：Enhanced(DUDE)也是使用该方法准备的(复合1D-描述，同时不符合2D-描述)

2D方法是用2维化学结构的性质来描述计算化学相似性，最有名的要数分子印迹(molecular fingerpri