Mmiraclez-CSDN博客

原创 Tensorflow2.1学习-2-鸢尾花分类、张量生成

可以通过if,case语句来进行理性计算，专家系统-把专家的经验告知计算机，计算机执行逻辑判别（理性计算），给出分类。第一次初始随机化后，得到的标签可能跟输入标签不一样，引入损失函数（loss function）那么，用神经网络实现鸢尾花分类，就是找到一种方法，使得找到使损失函数最小的一组参数w和b。梯度下降的方向，就是损失函数减小的方向。a.shape中，（2，），中“，”隔开有几个数字，代表几维，前面的2是说有2个元素。使用神经网络，可以直接根据大量数据，预测结果（黑盒子），需要大量数据。

2024-04-09 21:39:12 726

原创 Tensorflow2.1学习-1-安装

安装成功了，但是不能用GPU，在网上搜到tensorflow需要cuda10.1或者11.0的，而我安装的是11.8的，进行卸载安装。1、首先安装实验环境，需要python3.7(默认安装了conda)点击New Project，选择interpreter为TF2.1。可以直接在csdn上搜pycharm安装包，社区版的就行。先建立一个test.py文件，输入如下代码。conda activate TF2.1，进入环境。安装不顺畅可以在网上搜conda换源。成功，换成了cuda11.0.1。

2024-03-30 00:13:45 674

原创 CADD-PyMOL-1-安装

numpy‑1.14.6+mkl‑cp27‑cp27m‑win_amd64.whl代表python2.7 64bit的python和系统。进入Unofficial Windows Binaries for Python Extension Packages网站。本次下载python为官网python3.11.5。2.在anaconda创建虚拟环境。此时会变成pymol2界面。此时为pymol1界面。

2023-10-11 10:25:48 168 2

原创 CADD-同源模建-3-SWISS-MODEL实操

如果一致度能达到30%，那么模型的准确度就可以达到80%，模型可以用于寻找功能位点，以及推测功能关系等。如果一致度能达到50%，那么模型的准确度就可以达到95%，可以根据模型设计定点突变实验，设计晶体结构自转，辅助完成真实结构的测定。如果一致度能达到70%以上，我们可以认为预测模型完全代表真是结果，可以用来分子筛选，分子对接，药物设计结构功能研究。显示结果，选择"Model 02"，因为它具有最高 (100.00%) 的sequence identity以及相当大的coverage。

2023-10-10 11:32:14 2707 1

原创 CADD-同源模建-2-方法学（2）

Verify3D过程通过根据每个残基位置的位置和环境分配结构类，并将结果与良好结构进行比较。残基的环境对应于三个参数，局部二级结构、掩埋的残基面积、极性原子覆盖的侧链区域的分数。Procheck：对于模型中残基与残基之间的立体化学性质做出评价常以Ramachandran图（拉式图）表示；同一家族中一个蛋白为另一个蛋白分配原子坐标的基础，这部分称为结构保守区。在生物进化或蛋白家族中具有不变或相同的结构域，具备重要功能不能改变。蛋白质肽链中除去螺旋和β折叠的第三种二级结构，通常具有较大的柔性。

2023-10-09 10:35:36 129 1

原创 CADD-同源模建-2-方法学（1）

1．同源蛋白的搜索4．构建蛋白可变区2．序列比对5．补全氨基酸残基3．构建蛋白保守区6．蛋白结构的评价。

2023-10-08 20:44:04 78 1

原创 CADD-同源模建-1-概况

主要原理是把结构未知的蛋白质序列与已知的结构进行匹配，找出一种或几种匹配结构好的结构作为结构未知的蛋白质的预测结构（筛选最佳的匹配方式）该法的局限性在于它假设蛋白质折叠类型是有限的，只有在未知结构蛋白质和已知结构蛋白质结构相似时才可能预测出未知蛋白质的结构。可以细分为：二级结构预测，超二级结构预测，蛋白质结构类型预测，蛋白质折叠模式预测，详细的三维结构直接预测。基于知识的蛋白质结构预测方法，根据同源结构中的保守部分，搭建未知蛋白质的结构骨架。基于已知蛋白的三维结构来预测未知蛋白的三维结构。

2023-10-08 20:31:49 77 1

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