CADD-同源模建-3-SWISS-MODEL实操

本来学习的是SYBYL2.1，但是缺少了一个必备库，先学一下SWIIS-MODEL。

主要参考了AIDD公众号

​​​​​​https://mp.weixin.qq.com/s/VSB3aHsknHSDFbJtrngw6g

Swiss -model是一个基于ExPASy web的同源模建服务器，其目的是为了让全世界所有生命科学研究人员都能接触蛋白质建模。Swiss -model共为用户提供了3种操作模式，分别为Automatic mode、Alignment mode和Project mode。

1.进入SWISS-MODEL网站后，点击 “Strat Modelling”开始

2.然后将氨基酸序列粘贴到框中，也可以通过单击"Upload Target Sequence File"上传目标序列。这里我使用的是mtor 的氨基酸序列 。序列如下：

>sp|P42345|MTOR_HUMAN Serine/threonine-protein kinase mTOR OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MTOR PE=1 SV=1
MLGTGPAAATTAATTSSNVSVLQQFASGLKSRNEETRAKAAKELQHYVTMELREMSQEES
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3.点击“Build model" 进行同源建模

如果一致度能达到30%，那么模型的准确度就可以达到80%，模型可以用于寻找功能位点，以及推测功能关系等。如果一致度能达到50%，那么模型的准确度就可以达到95%， 可以根据模型设计定点突变实验，设计晶体结构自转，辅助完成真实结构的测定。如果一致度能达到70%以上，我们可以认为预测模型完全代表真是结果，可以用来分子筛选，分子对接，药物设计结构功能研究。特殊情况，虽然序列一致度达到很高水平，但是结构却并不相同。（这种情况比较少见，但需要注意）。

4.选择模型

显示结果，选择"Model 02"，因为它具有最高 (100.00%) 的sequence identity以及相当大的coverage。

5.模型评判

• GMQE（全球模型质量估计）是一种结合目标-模板对齐方式和模板搜索方法的属性的质量估计。所得的GMQE分数表示为0到1之间的数字，反映了使用该对齐方式和模板构建的模型的预期准确性以及目标的覆盖范围。数字越高表示可靠性越高。
• QMEAN该模型的得分可与相似大小的实验结构所期望的得分相媲美。0值附近的QMEAN 得分表明模型结构与相似大小的实验结构之间具有良好的一致性。分数为-4.0或以下表示模型的质量较低。
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• 拉氏图（又名 Ramachandran 图）是一种使蛋白质结构中，主链氨基酸残基的二面角 ψ 和 φ 可视化的图。同时也可以反映出该蛋白质的构象是否合理。图中白色区域就是构象不合理的区域。注意需要结合蛋白具体结构功能分析，比如白色区域的如果是膜内不需要活性的区域，就合理。可以点击每个点进行进一步分析。
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6.保持模型

点击Model2，就可以选择相关模型。