r语言做绘制精美pcoa图_R语言学习笔记汇总

小白鱼学习笔记汇总(2019.09-2020-08) 这是过去近一年( 2019.09-2020-08 )，小白鱼公众号所有技术类推文的汇总。 小白鱼公众号创建于 2019 年 9 月中旬，其实现在离一周年还差 1 个月。但是实在是来不及等到 9 月份了，就当是个“伪周年纪念”吧 …… 尽管如此，这也是辛辛苦苦肝了 11 个月的成果，就内容上来看也算是有点模样了。白鱼同学读研的时候接触了微生物群落数据分析，所以略懂生态环境统计，以及 R 语言和微生物组分析等方法，因此小白鱼公众号里面的大多数内容都是在这基础上的小总结。起初的计划是写一些关于统计检验、降维、聚类、相关性分析、网络分析、回归建模，外带一些常见统计图绘制的技术类推文，到目前大致上也整理完第一期工程了。 不不，不是说统计或作图方法就这些，这些还远远不止。白鱼同学只是结合自己的生物学数据分析经验简单总结了一些比较常见的方法。哦哦，与其说总结，其实也大多是搬运 …… 很多也是来自某些大佬的著作，白鱼同学更多情况下就是做做翻译、多篇资料的整合删减、 R 代码的修改之类的苦劳，并在学习中再添加一些个人的领悟。总之，更重要的其实是给自己作笔记记录，希望目前所领悟的对将来的自己有所帮助。当然这里面也有不少问题，有的发现了也没再改，大多数都是抱着自己知道就行了也就懒得改了 …… 同学们翻看时多加思考便是。 第二期写作工程就是今年 9 月到明年 9 月，一年一期，不过第二期先准备搁置半年 …… 白鱼同学准备明年年初的考博事宜，所以在这篇汇总贴搞定后，要开始闭关半年。不过也不是完全的闭关，偶尔可能也会诈个尸，发个小作图的 R 代码之类的，但频率肯定很低了。这也是为什么白鱼同学无法等到下个月凑够公众号开通 1 周内再总结目录的原因，到目前为止写公众号花的时间实在太多，得赶紧回到主线任务上来，看书看文献准备计划云云。毕竟目前是社畜一枚，早已不是在校学生，白天要上班没有充分看书看文献，晚上头昏脑胀也得硬撑着学习，再在支线公众号上注入更多时间就真的得不偿失。  

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所有的历史文档，均在GitHub中存储过备份，若相关推文中的百度盘失效可在该备份中查找对应时间的资料：

https://github.com/lyao222lll/sheng-xin-xiao-bai-yu         

     

常见统计图绘制

该部分主要以R语言绘制常见的科研图表为主，如柱形图、箱线图、饼图、散点图、折线图等

个别用到了其它工具或者在线网站，主要对于一些不规则图形，如网络图等，R语言自由度太低很难调整，此时个人不喜好用R

柱形图：堆叠柱形图    分组柱形图    双向柱形图    蝴蝶图

箱线图：箱线图    提琴图    密度提琴图

饼图：饼图和扇形图    蜘蛛饼图    圆环图    旭日图    星形图

散点图：二维散点图    三维散点图    火山图    曼哈顿图

折线或曲线图：折线图        回归曲线    平行坐标图

集合可视化：韦恩图(2-5)    韦恩图(2-7)    花瓣图    UpSet图    网络图代Venn图

相关图：相关矩阵

三元相图：三元相图

面积图：堆叠面积图

雷达图：雷达图

圈图：简单弦图    关联弦图    基因组变异圈图    SNV位点圈图