linux系统fasta程序,求助：如何用命令对fasta格式的序列按长短排序

wang7131984 于 2009-05-20 15:05:28发表:

提供一种解法吧，就是把文本的格式改改

比如

>xxxx

yyyyyyyyyyyy

你就把它变成

char_num#>xxxxx#yyyyyyyyyyyyyyyyyy

然后你就可以排序.

最后将它还原为原来的格式

以下是使用ruby的实现

file = File.open "fasta"

list = []

loop do

key = file.gets

value = file.gets

break if value == nil

line = value.size.to_s << "#" << key << "#" << value

#这里你自己没说清楚，到底序列是指

#>xxxxxx

#yyyyyyyyyyyyy还是指

#yyyyyyyyyyyyyy，所以自己修改，我默认为下一种

list.push line

end

list.sort! #恩，这里有些问题，国内的ruby少的可怜。而我又没有ruby的帮助文档。这里需要修改一下sort的这个算法。因为ruby默认是按照ascii顺序排列的。所以5反而在10的后面。还有另一种方法是使用linux的sort工具 sort -n 可以实现按数字排序，但是中间要生成临时文件，自己实现。

tmpfile =File.open "fasta.tmp", "w"

list.each { |elem| tmp_list = elem.splist ( /#/ ); tmpfile.puts tmp_list[1], tmp_list[2]}

#system "mv fasta.tmp fasta"这句等你确认算法是对的再来执行吧