linux合并fa文件_Linux文件排序和FASTA文件操作，linux文件排序fasta

Linux文件排序和FASTA文件操作，linux文件排序fasta文件排序

seq: 产生一系列的数字; man seq查看其具体使用。我们这使用seq产生下游分析所用到的输入文件。

# 产生从1到10的数，步长为1

$ seq 1 10

1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

# 产生从1到10的数，步长为1，用空格分割

$ seq -s ' ' 1 10

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10

# 产生从1到10的数，步长为2

# 如果有3个数，中间的数为步长，最后一个始终为最大值

$ seq -s ' ' 1 2 10

1 3 5 7 9

$ cat test

$ cat test

0

3

6

9

12

15

3

9

15

sort: 排序，默认按字符编码排序。如果想按数字大小排序，需添加-n参数。

# 可能不符合预期的排序，系统首先排0，然后排1, 3, 6, 9

$ sort test

0

12

15

15

3

3

6

9

9

# 按数字大小排序

$ sort -n test

0

3

3

6

9

9

12

15

15

sort -u: 去除重复的行，等同于sort | uniq

$ sort -nu test

0

3

6

9

12

15

sort file | uniq -d: 获得重复的行(d = duplication)

$ sort -n test | uniq -d

3

9

15

sort file | uniq -c: 获得每行重复的次数。

# 第一列为每行出现的次数，第二列为原始的行

$ sort -n test | uniq -c

1 0

2 3

1 6

2 9

1 12

2 15

# 换一个文件看的更清楚

$ cat <test2

> a

> b

> c

> b

> a

> e

> d

> a

> END

# 第一列为每行出现的次数，第二列为原始的行

$ sort test2 | uniq -c

3 a

2 b

1 c

1 d

1 e

# 在执行uniq操作前，