webstorm两个文件比对_ChIPseq数据比对实战

最新推荐文章于 2024-07-03 01:09:10 发布

醉鹅娘

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文章标签： webstorm两个文件比对

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_33480732/article/details/112272615

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本文详细介绍了ChIPseq数据的比对过程，使用bowtie2进行比对，包括下载参考基因组、构建索引、逐步比对和一步比对，以及比对结果的可视化。同时，文章还讲解了比对完成后的基础统计，如比对率和唯一比对reads的起始位点统计，并提供了awk数组知识和统计命令。

摘要由CSDN通过智能技术生成

今天是生信星球陪你的第617天

大神一句话，菜鸟跑半年。我不是大神，但我可以缩短你走弯路的半年~

就像歌儿唱的那样，如果你不知道该往哪儿走，就留在这学点生信好不好~

这里有豆豆和花花的学习历程，从新手到进阶，生信路上有你有我！

豆豆写于2020.5.7
首先是ChIP-seq分析的前言介绍部分：1：了解ChIP-seq的实验流程2：继续了解ChIP-seq3：关于ChIP-seq的实验对照与偏差来源4：ChIP-seq的实验设计补充5：ChIP-seq数据库及实战数据介绍
然后开始实战部分：6：ChIP-seq计算资源准备与实战数据下载7：ChIP-seq数据质控和过滤8：ChIP-seq数据比对注意事项
这一次将介绍bowtie2比对的方法和结果检查

1 利用bowtie2比对

bowtie软件开发的初衷就是：基于Burrows-Wheeler算法，针对大基因组的物种，进行短序列的比对工作。相比之前的版本，bowtie2不再设定错配、多重比对的阈值参数，而采用了一种打分机制，分值越高说明比对越相似。bowtie和bowtie2，分别对处理50bp以下和50bp以上的数据。

比对的步骤一般是：构建参考基因组索引 + 将fq文件比对到索引

比对后的结果还要根据比对质量值进行过滤，MAPQ>10 一般就可以保留那些唯一比对的reads

1.1 首先下载参考基因组

WKD=~/public/mm_nrf1
CONFIG=$WKD/sra/0-config.txt
CLEAN_DIR=$WKD/clean
REF_DIR=$WKD/reference
ALIGN_DIR=$WKD/align
wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/mm10/bigZips/chromFa.tar.gz -O $REF_D