webstorm两个文件比对_查看重测序分析比对率

利用BWA软件进行比对之后，可以利用Samtools进行比对率查看，是检测分析结果的一个常用方法。

0.1 将测序时候两个分开的序列合并,有时候一次不能测够数据量，所以将两次的数据合并一下

cat B5_L1.R1.fastq.gz B5_L4.R1.fastq.gz > B5_L0_R1.fastq.gz

代码：

Samtools flagstat -@ 8 392F.bam # @代表线程数

结果：

结果解释：

445466451 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads)

#质控通过的reads数+质控未通过的reads数，0x200 bit set 后面都是用这个参数区分的

0 + 0 secondary

#次级read数，0x100 bit set (不是很懂怎么算的)

25280325 + 0 supplementary

#额外reads数， 0x800 bit set

0 + 0 duplicates

#重复reads数，0x400 bit set

357030876 + 0 mapped (80.15% : N/A)

#匹配率，这个值比较重要，0x4 bit not set

420186126 + 0 paired in sequencing

#成对的序列数量，0x1 bit set

210093063 + 0 read1

#read1的数量，both 0x1 and 0x40 bits set

210093063 + 0 read2

#read2的数量，both 0x1 and 0x80 bits set

226587032 + 0 properly paired (53.93% : N/A)

#唯一匹配的reads数量，both 0x1 and 0x2 bits set and 0x4 bit not set

307729462 + 0 with itself and mate mapped

#非唯一匹配的reads数量，0x1 bit set and neither 0x4 nor 0x8 bits set

24021089 + 0 singletons (5.72% : N/A)

#只有一条染色体匹配上参考基因组的数量，both 0x1 and 0x8 bits set and bit 0x4 not set

65081306 + 0 with mate mapped to a different chr

#比对到不同染色体的reads数，0x1 bit set and neither 0x4 nor 0x8 bits set and MRNM not equal to RNAME

35472524 + 0 with mate mapped to a different chr (mapQ>=5)

#比对到不同染色体，但是比对质量值大于5的reads数，0x1 bit set and neither 0x4 nor 0x8 bits set and MRNM not equal to RNAME and MAPQ >= 5

总结：这个参数还是比较多的，最主要的是比对率和唯一比对率，其他的参数都是依据bits set区分的（不是很懂），主要是通过bam文件中的前13个序列信息字符来确定的。

参考资料：

https://blog.csdn.net/u013553061/article/details/53402232​blog.csdn.net http://www.htslib.org/doc/samtools.html​www.htslib.org