这篇博客记录了作者学习CHIP-seq流程中关于比对软件Bowtie2的使用过程，包括在服务器上通过miniconda安装Bowtie2，详细介绍了软件的使用说明，并分享了如何使用shell脚本来批量进行比对任务。
参考文章：
老菜鸟终于开始进行CHIP-seq的学习啦，又是开始学习新的软件。不过现在感觉没那么头大了，毕竟前边学了一些了。先做些简单的记录吧。
1.安装软件
安装仍然在服务器中使用miniconda进行安装，参考文章RNA-seq流程学习笔记（3）。
2.Bowtie2软件的使用
1. 软件说明
bowtie2 --help
Usage:
bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {
-1 <m1> -2 <m2> | -U <r> | --interleaved <i> | -b <bam>} [-S <sam>
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