不用linux转录组数据分析,没有生物学重复的转录组数据怎么进行差异分析？

设置生物学重复这个环节也是你实验设计很重要的一part，设置的好对你下游分析也有利，通常我们做转录组测序，需要的样本量每组至少为3个生物学重复，这个处理起来就很合理，并且现在流行的差异分析软件DEseq2，limma，edgeR等等都是针对有重复的数据去做的，但有时候会不幸碰到样品测序失败不能用，导致每组就给你剩一个重复时候该怎么办，之前我有批数据就是这样，但是办法总比困难多不能放过任何实验数据，搜了搜其实还是有一些方法可以去解决的，在这里介绍下我搜到的几种方法。

假如现在你手头有如下文件(test.txt)，只有俩样品RPKM_A (对照) 和RPKM_B (处理), 值为标准化后的RPKM。

图片.png

1. 根据foldchange直接筛选

之前在一篇中文文献中见到有人用这种方法，作者自定义差异基因的标准：至少有一组RPKM值大于5，且满足foldchange(差异倍数) > 2，我们可以在LInux中直接可以用awk进行过滤，其实Excel、R中也可以操作，根据个人习惯吧。代码如下：

### 上调基因########

# 提取B组大于等于5，A组等于0的基因。

less test.txt | gawk '{if (($2==0)&&($3>=5)) print $0}' > up.txt

# 提取A、B俩组至少有一组大于等于5，且B组值/A组值大于等于2

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