转录组分析需要安装linux么,转录组学习一（软件安装）

最新推荐文章于 2023-02-23 09:12:03 发布
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文章标签： 转录组分析需要安装linux么
本文档介绍了转录组分析所需软件的安装步骤，包括sratoolkit、samtools、fastqc、Trimmomatic、hisat2和HTseq等，并讲解了Linux环境变量设置、conda包管理器的使用，以及在Windows环境下的一些基础编程工具。
摘要由CSDN通过智能技术生成

开篇：2017/10/7正式开始生信技能树论坛里的转录组入门从Linux下软件的安装 到 差异表达基因的功能注释及功能分析相关。

转录组相关软件的安装

任务

本地Windows电脑及服务器Linux系统下安装此次入门学习的各类软件及简单了解软件的基本用法：包括：sratoolkit, fastqc,Trimmomatic, hisat2, samtools, bcftools, htseq-count, R, Rstudio

windws下的一些基础编程工具如：git, notepad++, ...

环境变量

软件安装，首先最重要的问题就是Linux操作系统的环境变量。这问题真的是有些有些小坑，记得当时反复看了几篇文章+实际操作安装几次软件下才清楚了环境变量的概念。后来再在Windows的dos操作时就瞬间明白这种东西都是通用的概念。主要参考文章Linux学习-环境变量和可执行属性，群体基因组(二)

环境变量：首先要明白，Linux操作系统执行如ls/cd/mkdir这类的命令实际是系统从内置的文件目录下调用这些ls/cd/mkdir的程序文件然后执行。而这系统内置的文件目录就是环境变量。环境变量就是告诉电脑操作系统几个目录，这几个目录下存储着可执行的文件。

系统中环境变量的名字是PATH, 可通过echo

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weixin_32299949的博客
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悟道西方
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转录组学linux数据分析
最新发布
07-28
转录组学数据分析在Linux环境下进行。在进行转录组测序时，通常需要每组至少有3个生物学重复样本，以便进行差异分析。然而，有时会遇到样品测序失败的情况，导致每组只有一个重复样本。在这种情况下，可以采用一些方法来解决。 一种解决方法是使用Gfold软件，该软件是同济大学开发的，适用于没有生物学重复样本的情况。该软件在Linux环境下运行，可以用于鉴定无重复数据的差异基因。请注意，该软件不支持Windows版本。 另一种方法是使用blastx命令进行转录组数据分析。该命令可以将转录本序列与数据库进行比对，以鉴定相似序列并进行功能注释。例如，可以使用以下命令进行blastx分析： blastx -query transcripts.fa -out transcripts.xml -db ~/Biosofts/blast+/bin/nrdb -outfmt 5 -evalue 1.OE -6 -max_target_seqs 10 -num_threads 20 这些方法可以帮助您在没有生物学重复样本的情况下进行转录组学数据分析。 #### 引用[.reference_title] - *1* *2* [没有生物学重复的转录组数据怎么进行差异分析？](https://blog.csdn.net/weixin_33507566/article/details/116859122)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control_2,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] - *3* [对转录组测序数据进行分析以及注释](https://blog.csdn.net/weixin_30111277/article/details/116817834)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control_2,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] [ .reference_list ]
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