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ImageJ系列最新教程
ImageJ(官网:https://imagej.nih.gov/ij/)是由美国National Institutes of Health(NIH)开发的免费开源的公共图像处理软件,在生物及医学图像分析中起着非常重要的作用。
在我们以往的分享中我们已经给大家分享了使用ImageJ分析荧光共定位、细胞计数、免疫组织化学的定量、轨迹追踪、线粒体形态学测量等使用教程,有需要的小伙伴可以去往期查看。
活细胞工作站或共聚焦显微镜可方便获得实时、原位、动态的时间序列图像或视频,今天给大家分享使用ImageJ分析时间序列图像。
下图是Elife(IF=7.616)中记录时间依赖的钙成像,横坐标是时间纵坐标是钙信号,反映的是不同时间点钙信号的动态变化:

分析步骤
1.待分析时间序列图像的打开
1.1 视频文件的打开
打开ImageJ软件,打开.avi格式的时间序列动态视频,进入AVIReader界面:

本示例视频共有120帧,视频时间范围为0分钟至119分钟。读取所有帧即从First Frame到Last Frame。Flip Vertical为打开视频时垂直翻转。选择Use Virtual Stacke,点击OK,即可打开视频:

当前显示的是视频中120帧的第65帧