pca ， nmds , pcoa 图添加分组的椭圆

最新推荐文章于 2024-07-04 07:23:42 发布

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文章标签：人工智能 r语言 python

本文介绍了如何在PCA、NMDS和PCoA排序分析图中添加分组椭圆，以更直观地展示样本分组。通过ggplot2的新功能stat_ellipse，可以方便地实现这一效果，调整level参数控制椭圆覆盖范围。同时，也提到了用多边形描述分组的方法，虽然代码相对复杂，但视觉效果良好。

摘要由CSDN通过智能技术生成

对于pca , nmds, pcoa 这些排序分析来说，我们可以从图中看出样本的排列规则，比如分成了几组。

为例样本分组更加的直观，我们可以根据实验设计时的样本分组情况，对属于同一个group的样本添加1个椭圆或者其他多边形。

新版本的ggplot2 中提供了stat_ellipse 这个stat，可以方便的实现上面的效果。

代码示例：

ggplot(faithful, aes(waiting, eruptions, color = eruptions > 3)) +
  geom_point() +
  stat_ellipse(level = 0.8) +
  stat_ellipse(level = 0.9)

效果图如下：

通过stat_ellipse 简单有方便，其中的level 参数指定了拟合椭圆的路径时的置信度，这个数值越大，椭圆覆盖的点就越多；

这里我添加两个椭圆，只是为了美观，ggplot2 图层叠加的语法使得添加多个椭圆这么方便，不得不为其设计者点赞；

在旧版本的ggplot2 中，是没有stat_ellipse；而官方的开发者在新版的ggplot2 中加入了这一功能，可想而知这个应用的受欢迎程度，

除了添加椭圆，也可以使用多边形来描述分组，

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