Question 1:什么是NMDS分析?
非度量多维标度(Non-metric Multidimensional Scaling,NMDS)是一种将多维空间的研究对象(样本或变量)简化到低维空间进行定位、分析和归类,同时又保留对象间原始关系的数据分析方法。
Question 2:NMDS与其他降维方式有什么区别?
PCA基于线性模型,仅适用于物种少,环境因素、物种丰度波动变化小的情况。PCoA与NMDS用于反映样本距离矩阵关系,不同点在于NMDS更侧重反映距离矩阵中数值的排序关系,弱化数值的绝对差异程度。在多样本、物种数量多的情况下(可进行排序的数量更大)。NMDS都使用样本相似性距离矩阵进行降维排序分析,但NMDS侧重反映距离矩阵中数值的排序关系,当样本或者物种数量过多的时候使用NMDS会更加准确。NMDS图形常用作微生物群落研究的β分析。
Question 3:如何不使用R语言绘制NMDS分析图?
小编和他的小伙伴们开发了一个在线的作图小网站——云图图(https://www.cloudtutu.com/#/index,免费的哦~),操作步骤如下:
①登录网址:https://www.cloudtutu.com/#/index(推荐使用360或者谷歌浏览器)
②输入用户名和密码(小编已经为大家填好了,如果不显示可添加文末二维码添加小编获取),输入验证码后即可登录,无需注册,直接使用,不必担心隐私泄露,是不是诚意满满~
③登录后在工具一栏(全部分