PCA、PCoA、NMDS、Anosim学习

最新推荐文章于 2024-07-04 07:23:42 发布
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分类专栏： 微生物之16S 宏基因组 文章标签： PCA、PCoA、NMDS、Anosim
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本文链接：https://blog.csdn.net/rojyang/article/details/81456895
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PCA、PCoA和NMDS是用于揭示样本间关系的排序分析方法，主要处理微生物群落结构的相似性和差异性。PCA通过线性变换和降维保留方差最大化；PCoA基于距离矩阵而非原始数据；NMDS则考虑进化信息。Anosim是一种非参数检验，用于判断样本分组差异是否显著。R值和P值帮助评估差异性和检验可靠性。
摘要由CSDN通过智能技术生成

PCA，PcoA，NMDS分析都属于排序分析（Ordination analysis）。排序(ordination)的过程就是在一个可视化的低维空间或平面重新排列这些样本,使得样本之间的距离最大程度地反映出平面散点图内样本之间的关系信息（反映样本间菌群结构的相似性和差异性）。 通过比较样本点的距离，比较样本间的差异程度，样本间的距离越近表示样本组成的相似性越高，差异越小。

1、只使用物种组成数据的排序称作非限制性排序(unconstrained ordination)

    (1)主成分分析(principal components analysis,PCA)

    (2)对应分析(correspondence analysis, CA)

    (3)去趋势对应分析(Detrended correspondence analysis, DCA)

    (4)主坐标分析(principal coordinate analysis, PCoA)

    (5)非度量多维尺度分析(non-metric multi-dimensional scaling, NMDS)

2、同时使用物种和环境因子组成数据的排序叫作限制性排序(constrained ordination)

    (1)冗余分析(redundancy analysis,RDA)

    (2)典范对应分析(canonical correspondence analysis, CCA)

PCA（Principal Components Analysis）即主成分分析，也称主分量分析或主成分回归分析法，首先利用线性变换，将数据变换到一个新的坐标系统中；然后再利用降维的思想，使得任何数据投影的第一大方差

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猿大人007
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Christina
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在PCA、PCoA、CA和NMDS非约束排序方法中，只有NMDS不是基于特征向量的排序方法，不会最大化排序轴所代表的变量方差(可旋转轴，达到PCA的效果，PC1代表最大方差)。书中提到PCoA等的排序结果，可以作为NMDS的输入，用于将超过2-3D的数据空间，在2-3D的维度展示出来。)提到“NMDS分析对0值不太敏感，即使有较多的0，也可以得到较为稳健的结果”。如果拿不准要选择那种转换方法和距离指数，就在满足分析假设的前提下，把所有分析都做一遍，选择分析效果更好的方法就行，不要让自己陷入纠结，浪费时间。
PCA与PCOA分析的区别？
06-06
PCA（Principal Component Analysis）和PCoA（Principal Coordinates Analysis）是两种不同的降维分析方法，它们有以下几点区别： 1. 目的不同：PCA的主要目的是寻找数据中的主要方差方向，并将数据投影到这些方向上，从而实现数据的降维。而PCoA的主要目的是寻找样本之间的距离矩阵，并将样本在坐标系中进行表示，从而实现数据的可视化和分类。 2. 计算方式不同：PCA是一种线性降维方法，通过计算协方差矩阵的特征值和特征向量来确定主成分，从而实现数据的降维。而PCoA则是一种非线性降维方法，通过计算样本间的距离矩阵，并将距离矩阵进行特征值分解，得到样本在坐标系中的坐标，从而实现数据的降维和可视化。 3. 数据类型不同：PCA通常用于处理连续型数据，如基因表达数据、图像数据等。而PCoA通常用于处理距离或相似度矩阵，如生态学中的物种组成数据、微生物群落数据等。 总之，PCA和PCoA是两种不同的降维方法，它们各有优劣，适用于不同类型的数据分析问题。
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