dN/dS与分子进化常用软件

最新推荐文章于 2024-09-04 21:41:07 发布

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原文链接：http://www.cnblogs.com/xiaofeiIDO/p/6876588.html

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dN/dS比率是衡量遗传进化中选择压力的关键指标，用于区分正选择、中性选择和纯化选择。本文介绍了dN/dS的计算及其在分子进化分析中的应用，并列举了系统进化树构建、选择压力计算和SNP搜索等领域的常用软件。

摘要由CSDN通过智能技术生成

dN/dS

　　在遗传学中，Ka/Ks或者dN/dS表示的是异意替换（Ka）和同意替换（Ks）之间的比例。这个比例可以判断是否有选择压力作用于这个蛋白质编码基因。
　　不导致氨基酸改变的核苷酸变异我们称为同义突变，反之则称为非同义突变。一般认为，同义突变不受自然选择，而非同义突变则受到自然选择作用。在进化分析中，了解同义突变和非同义突变发生的速率是很有意义的。常用的参数有以下几种：同义突变频率(Ks)、非同义突变频率(Ka)、非同义突变率与同义突变率的比值(Ka/Ks)。如果Ka/Ks>1，则认为有正选择效应。如果Ka/Ks=1，则认为存在中性选择。如果Ka/Ks<1，则认为有纯化选择作用。

Ks = 同义突变SNP数/同义位点数，即同义突变率
Ka = 非同义突变SNP数/非同义位点数，即非同义突变率
同义突变SNP数= Σ同义SNP
非同义突变SNP数= Σ非同义SNP
同义位点数= Σ同义位点
非同义位点数= Σ非同义位点

uKa>>Ks或者Ka/Ks>> 1，基因受正选择(positive selection)
uKa＝Ks或者Ka/Ks ＝1，基因中性进化(neutral evolution)
uKa<<Ks或者Ka/Ks<< 1，基因受纯化选择(purify selection)

检测序列的功能性（fu