PAML|计算dN/dS值的生信软件

最新推荐文章于 2023-10-12 11:32:15 发布

name_qgy

最新推荐文章于 2023-10-12 11:32:15 发布

阅读量2.9k

点赞数 1

分类专栏：生物信息文章标签：生物学生物信息学

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_50637636/article/details/120583324

版权

本文介绍了生物信息学工具PAML的用途，详细阐述了如何下载安装PAML，以及如何运行并配置codeml.ctl参数文件来计算进化过程中非同步替换比率dN/dS。

摘要由CSDN通过智能技术生成

PAML是什么

PAML是利用最大似然法对CDS或PEP序列进行系统发育分析的生信软件。
PAML官方网址：http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html

PAML的下载安装

wget http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml4.9i.tgz
tar zxf paml4.9i.tgz
rm bin/*
cd src
make -f Makefile
cp baseml basemlg chi2 codeml evolver infinitesites mcmctree pamp yn00 ../bin
echo 'PATH=$PATH:/gss1/home/tri01/software/paml4.9j/bin
' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

PAML的运行

要正常运行PAML，需要在同一个目录下包含四个文件：
1.fasta文件：存储蛋白编码基因的序列信息，比如原始序列经过mafft比对后，并由pal2nal导出的密码子序列，序列长度为3的倍数。
2.tree文件：与序列比对的物种名保持一致，文件后缀名为.treefile，文件内存储内容格式为（a:0.03,((b:0.1,c:0.2),d:0.5)）;
3.codeml.ctl文件：PAML的参数控制文件，通过修改文件参数，实现模型转换
4.codeml.exe：PAML的可执行文件（如果可执行文件添加到环境变量里了的话，不需要再把该可执行文件cope到工作目录下了）

codem