教你计算三种分子性质的方法

对于分子的研究会涉及到很多的因素,比如分子的能量和结构、红外和拉曼光谱、振动频率、分子轨道、NMR 屏蔽和磁化系数以及静电势和电子密度等,我们如果通过。Chem 3D软件来计算分子性质就相对来说简单多了。本节ChemDraw使用技巧就来给大家分享一下使用Chem 3D软件计算分子性质的三种方法。

方法1:MM2分子动力学

这一计算分子性质的原理是采用MM2分子动力学方法研究构型在一定温度下构型的转变,操作方法是在Chem 3D绘制窗口画好分子构型之后,单击Calculations菜单或Calculations工具条的MM2命令,即可快速计算该分子构型在不同情况下的数值。

方法2:GAMESS软件包

使用Chem 3D软件的GAMESS软件包可以进行IR、Raman以及NMR光谱的理论模拟和预测。操作方法是单击Calculations菜单并选择GAMESS Interface命令,然后从其子命令中分别选择Predict IR/Paman Spectrum、Predict UV/Vis Spectrum或者Predict NMR Spectrum。正丁烷IR/Raman谱图的AM1计算结果如下图所示:

正丁烷IR/Raman谱图 
正丁烷IR/Raman谱图

温馨提示:使用Chem 3D软件计算分子构性性质之前,需要先进行构型优化。

方法3:分子轨道拓扑图像

绘制分子轨道的拓扑图像也是计算分子性质的方法之一,具体操作方法是在构型优化后,在Chem 3D软件中选择Surfaces菜单下的Choose Surface选项,默认情况下,绘制的是最高占据轨道(HOMO),最低未占据轨道是LUMO,所以需要继续选择Choose Surface的子选项Select Molecular Orbital来选择所要绘制的分子轨道,效果图如下。

Chem 3D软件绘制分子轨道 
Chem 3D软件绘制分子轨道

以上就是使用Chem 3D软件计算三个不同分子构性的方法,熟练掌握后有助于分析分子性质。如果还没有这款化学绘图软件的话,可以点击ChemDraw下载获取。

本文来源于:http://www.chemdraw.com.cn/ruheshiyong/fenzi-xingzhi.html

 

转载于:https://www.cnblogs.com/MathType/p/5855439.html

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作者介绍 Toby,持牌照金融公司担任模型验证专家,国内最大医药数据中心数据挖掘部门负责人!和重庆儿科医院,中科院授,赛柏蓝保持慢病数据挖掘项目合作!管理过欧美日中印巴西等国外药典数据库,马丁代尔数据库,FDA溶解度数据库,临床试验数据库,WHO药物预警等数据库。课程概述 此课程讲述如何运用python的sklearn快速建立机器学习模型。课程结合美国威斯康辛乳腺癌细胞临床数据,实操演练,建立癌细胞预测分类器。课程讲述十大经典机器学习算法:逻辑回归,支持向量,KNN,神经网络,随机森林,xgboost,lightGBM,catboost。这些算法模型可以应用于各个领域数据。本视频系列通俗易懂,课程针对学生和科研机构,python爱好者。本视频程系列有完整python代码,观众看后可以下载实际操作。了解癌症肿瘤基本常识,建立健康生活方式,预防癌症,减轻癌症治疗成本。课程背景 警钟长鸣!癌症离我们远吗?《我不是药神》催人泪下,笔者在此揭露真相,癌症不是小概率疾病,癌症就在身边。癌症早期发现和控制可极大延长寿命和减少治疗费用。笔者下载美国威斯康辛临床数据,运用python sklearn建立乳腺癌分类器模型,可预测正常细胞和癌细胞。我国医院重视治疗,但忽略疾病预防育。通过我多年机器学习数据挖掘,我发现疾病可防可控,通过自身努力,我们可以提前发现疾病早期症状或扼杀疾病于摇篮。希望此课程让广大医疗科研工作者认识疾病预防育重要性。  
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