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RSS订阅原创 预测多基因扰动的转录结果
细胞对基因扰动的转录反应揭示了细胞如何运作的基本见解。转录反应可以描述多种功能，从基因调控机制如何帮助维持细胞身份到调节基因表达如何逆转疾病表型。这对生物医学研究，特别是在开发个性化治疗方面具有重要意义。例如，通过基因扰动研究来验证药物靶点，增加了临床试验成功的可能性。此外，确定协同基因对可以提高联合治疗的有效性。由于已知复杂的细胞表型是由小组基因之间的遗传相互作用产生的，确定这种相互作用可以促进精确的细胞工程。
2023-09-13 19:08:21
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1原创 JointVAE用于单细胞多模态插补和embedding
单细胞多模态数据能够测量细胞的各种特征，从而深入了解细胞和分子机制。然而，多模态数据的生成仍然昂贵且具有挑战性，同时缺失模态也经常发生。最近，机器学习方法已经被开发用于数据补全，但通常需要完全匹配的多模态数据才能学习共同的潜在特征，可能缺乏模态特异性。为了解决这些问题，作者开发了一个机器学习模型，名为JAMIE。JAMIE接受单细胞多模态数据，这些数据可以在模态之间部分匹配样本。变分自编码器学习每个模态的潜在特征。然后，跨模态匹配样本的特征被聚合以识别联合的跨模态潜在特征，然后进行重构。
2023-07-05 17:16:01
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原创 区块链的简单认识
法定货币的发行依靠中央银行的财务决策，可能导致通货膨胀，比特币的发行依靠区块链上新区块的生成，矿工将区块验证，并加入区块链后，可以获得出块奖励，因此很形象地称为挖矿。现在系统中的算力总量越来越大，对于单个矿工来说，挖矿成功的概率越来越小，后续发展出矿池，通过为矿池的主人提供算力，矿池作为一个节点，提高了挖矿成功的概率，并且将出块奖励分配到参与矿池的矿工手中。有人认为，比特币系统由于挖矿现象，扭曲了本意，因此，以太坊改变了工作量证明的方式，目的是ASIC-resistance。
2023-06-25 01:15:18
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原创 ProteinGAN扩展蛋白质序列空间
蛋白质的3D结构、物理化学性质和分子功能由其氨基酸序列决定。从20种常见的氨基酸中，一个包含100个氨基酸的小尺寸蛋白质可以用1013010^{130}10130种不同的方法制成。在这个巨大的多维空间中，估计只有110771/10^{77}1/1077可以折叠成3D结构来执行特定功能。这给旨在筛选具有增强特性的新序列方法带来了很大的负担，因为随机的氨基酸替换都可能会导致蛋白质活性下降。而另一方面，机器学习可以直接从氨基酸序列推断蛋白质特性和功能。
2023-04-25 16:28:31
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原创 几何感知Transformer用于3D原子系统建模
分子系统能量力场的基本形式可以分解为基于键、键角、扭转角和非键相互作用等因素的函数。为了包含上述因素并进行能量估计，神经网络需要学习原子-原子（键和非键原子对）、原子-键（键角）和键-键（扭角）之间的相互作用。而过去基于Transformer的模型只学习原子-原子之间的相互作用。为了扩展信息并利用Transformer，作者提出Moleformer，它显式模拟原子-原子对之间的相互作用。Moleformer将原子、键和非键原子对作为输入，并应用平移旋转不变几何感知空间编码来捕获这些输入之间的几何关系。
2023-04-24 22:16:45
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2021-07-12
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