rdkit 分子性质描述符（Descriptors）

分子性质也被称为描述符。 RDKit中内置了大量的分子描述符的计算方法， 这些方法主要位于 rdkit.Chem.Descriptors <https://www.rdkit.org/docs/source/rdkit.Chem.Descriptors.html#module-rdkit.Chem.Descriptors>_ 也有些常用的性质在AllChem模块下面。

一、引入所需库

#! /usr/bin/python
# coding: utf-8

from rdkit import Chem
from rdkit import DataStructs

from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem import Descriptors
from rdkit.Chem import rdMolDescriptors
from rdkit.Chem import Draw

from rdkit.Chem.Draw import SimilarityMaps

二、性质描述符计算

计算分子的The topological polar surface area (TPSA) descriptor 、logP、电荷等性质

m = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc1C(=O)O')

tpsa_m = Descriptors.TPSA(m)
logp_m = Descriptors.MolLogP(m)

AllChem.ComputeGasteigerCharges(m)
charge_atm0 =