bowtie 加mn标签_Bowtie2使用方法与参数详细介绍

懒人必看Bowtie2 -q --phred33 --sensitive --end-to-end -I 0 -X 500 --fr --un unpaired --al aligned \

--un-conc unconc --al-conc alconc -p 6 --reorder -x{-1-2| -U} -S []

用法：bowtie2 [options]* -x {-1 -2 | -U } -S []

必须参数：-x 由bowtie2-build所生成的索引文件的前缀。首先 在当前目录搜寻，然后

在环境变量 BOWTIE2_INDEXES 中制定的文件夹中搜寻。

-1 双末端测寻对应的文件1。可以为多个文件，并用逗号分开；多个文件必须和 -2

中制定的文件一一对应。比如:"-1 flyA_1.fq,flyB_1.fq -2 flyA_2.fq,flyB

_2.fq". 测序文件中的reads的长度可以不一样。

-2 双末端测寻对应的文件2.

-U 非双末端测寻对应的文件。可以为多个文件，并用逗号分开。测序文件中的reads的

长度可以不一样。

-S 所生成的SAM格式的文件前缀。默认是输入到标准输出。

以下是可选参数：

输入参数-q 输入的文件为FASTQ格式文件，此项为默认值。

-qseq 输入的文件为QSEQ格式文件。

-f 输入的文件为FASTA格式文件。选择此项时，表示--ignore-quals也被选择了。

-r 输入的文件中，每一行代表一条序列，没有序列名和测序质量等。选择此项时，表示--

ignore-quals也被选择了。

-c 后直接为比对的reads序列，而不是包含序列的文件名。序列间用逗号隔开。选择此项时，

表示—ignore-quals也被选择了。

-s/--skip input的reads中，跳过前个reads或者pairs。

-u/--qupto 只比对前个reads或者pairs(在跳过前个reads或者

pairs后)。Default: no limit.

-5/--trim5 剪掉5'端长度的碱基，再用于比对。(default: 0).

-3/--trim3 剪掉3'端长度的碱基，再用于比对。(default: 0).

--phred33 输入的碱基质量等于ASCII码值加上33. 在最近的illumina pipiline中

得以运用。

--phred64 输入的碱基质量等于ASCII码值加上64.

--solexa-quals 将Solexa的碱基质量转换为Phred。在老的GA Pipeline版本中得以

运用。Default: off.

--int-quals 输入文件中的碱基质量为用“ ”分隔的数值，而不是ASCII码。比如 40 40

30 40..