投递任务到指定节点

最新推荐文章于 2022-12-19 10:02:20 发布

qq_39306047

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分类专栏： Linux

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_39306047/article/details/106494390

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qhost 查看计算资源

在Sun Grid Engine 中将job投递到指定的节点有两种方式：

1、 qsub -q qname@hostname xxxxxx

2、qsub -l hostname=xxxxx -cwd -b y sleep 20

经测试，以上两种方式在 SGE中都可以用，不同的环境可能会有差别。

qsub -l hostname=compute-0-32 trimlinker

qsub -l hostname=compute-0-32 HiCPro_step1_.sh

转载于:https://my.oschina.net/leopardlinux/blog/807146

# Please change the variable settings below if necessary

#########################################################################
## Paths and Settings - Do not edit !
#########################################################################

TMP_DIR = tmp
LOGS_DIR = logs
BOWTIE2_OUTPUT_DIR = bowtie_results
MAPC_OUTPUT = hic_results
RAW_DIR = rawdata

#######################################################################
## SYSTEM AND SCHEDULER - Start Editing Here !!
#######################################################################
N_CPU = 20
LOGFILE = hicpro.log

JOB_NAME =
JOB_MEM = 150G
JOB_WALLTIME = 336:00:00
JOB_QUEUE =
JOB_MAIL = nservant@curie.fr

#########################################################################
## Data
#########################################################################

PAIR1_EXT = _1.valid
PAIR2_EXT = _2.valid

#######################################################################
## Alignment options
#######################################################################

MIN_MAPQ = 30

BOWTIE2_IDX_PATH = /data/zhangyong/yyp/yypold/ref/mm10/mm10bowtie2index
BOWTIE2_GLOBAL_OPTIONS = --very-sensitive -L 30 --score-min L,-0.6,-0.2 --end-to-end --reorder
BOWTIE2_LOCAL_OPTIONS = --very-sensitive -L 20 --score-min L,-0.6,-0.2 --end-to-end --reorder

#######################################################################
## Annotation files
#######################################################################

REFERENCE_GENOME = mm10
GENOME_SIZE = chrom_mm10.sizes

#######################################################################
## Allele specific analysis
#######################################################################

ALLELE_SPECIFIC_SNP =

#######################################################################
## Capture Hi-C analysis
#######################################################################

CAPTURE_TARGET =
REPORT_CAPTURE_REPORTER = 1

#######################################################################
## Digestion Hi-C
#######################################################################

GENOME_FRAGMENT = mm10haiii.bed
LIGATION_SITE = GGCC
MIN_FRAG_SIZE = 100
MAX_FRAG_SIZE = 100000
MIN_INSERT_SIZE = 100
MAX_INSERT_SIZE = 600

#######################################################################
## Hi-C processing
#######################################################################

MIN_CIS_DIST =
GET_ALL_INTERACTION_CLASSES = 1
GET_PROCESS_SAM = 1
RM_SINGLETON = 1
RM_MULTI = 1
RM_DUP = 1

#######################################################################
## Contact Maps
#######################################################################

BIN_SIZE = 20000 40000 150000 500000 1000000
MATRIX_FORMAT = upper

#######################################################################
## Normalization
#######################################################################
MAX_ITER = 100
FILTER_LOW_COUNT_PERC = 0.02
FILTER_HIGH_COUNT_PERC = 0
EPS = 0.1