植物的Transcription Factor挖掘笔记

1、了解一下有哪些转录因子

1、在网站http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/中查找已知转录因子有哪些

2、下载已有种子

根据第一步中已知的转录因子的简写，在http://pfam.xfam.org/search#searchKeywordBlock中检索相应的种子文件，如果有，则下载，若没有则下一步自己制作。

3、制作种子

1. 在http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn中下载其原始序列。
2. 截取原始序列的前200条，在https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/进行比对，输出文件格式为STOCKHOLM,并下载至本地。
3. 使用hmmbuild工具，将sto文件转换为种子为种子文件xx.hmm

hmmbuild xx.hmm xx.sto 
#hmm文件为输出文件

1. 将待提取转录因子的蛋白质文件与种子文件进行对比，得出相应转录因子的序列号，输出为txt格式。

hmmsearch xx.hmm xx.pep.fa >xx.txt

1. 从输出文件中提取出对应的ID号，并保存为纯文本格式，每一个序列号独占一行。
   (关于ID的提取，主要是提取阈值以上的ID号，其他信息一概舍去)

perl fetch.pl ID.txt xx.fas

这一步也可以用ccj的TBtools来完成。