cuffquant 定量的结果全部为-nan

cuffquant 定量的过程中，当所有基因或者转录本的表达量都为0时，定量的结果就回全部是-nan  , 而不是0；

出现这种情况有两种原因:

1) 参考基因组搞错了，比对和定量的不是同一个参考基因组，或者gtf 文件和fasta 文件中染色体标识符对应不上，最常见的情况就是，一个以chr开头，一个不带chr;

2) 确实是0，就是说比对灭有问题，就是没有比对上基因区间；当然这种概率非常小，如果遇到，只能说是小确幸；

值得高兴的是，今天我就遇到了这种情况，同一批样本，其中一个样本基因的表达量全部为-nan, 找了好久的原因，以为自己哪里搞错了，原来就是这么的巧合，这种极端情况都会遇见

真是屋漏偏逢连夜雨，还是梅雨！！！