HAVANA 团队简介

在Ensembl 下载的gtf 文件中,会有一部分来源自 HAVANA

havana 的全称叫做 human  and vertebrate analysis and annotation, 是sager 研究所的1个团队,致力于为人和其他脊椎动物提供高质量的基因和转录本注释,havana 团队使用自己研发的软件,手工对人,小鼠,斑马鱼,还有其他一些脊椎动物进行基因和转录本的注释,特别是对于转录本的isoform 和 假基因(这两种是目前常见的基因组注释软件所欠缺的地方)进行手工注释;

对于转录本注释的结果,要求必须有对应的实验证据支持,包括cDNA, EST, 蛋白序列等,所以havana 注视的转录本可信度非常高;

更多的信息可以查看其官方主页

http://www.sanger.ac.uk/science/groups/vertebrate-annotation

 

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