Ensembl数据库简介

Ensembl是一项生物信息学研究计划，旨在开发一种能够对真核生物基因组进行自动诠释（automatic annotation）并加以维护的软件。该计划由英国维康基金桑格研究院及欧洲分子生物学实验室所属分部欧洲生物信息研究所共同协作运营，这是为了回应人类基因组计划即将完而于1999年启动的 。在存在10年之后，Ensembl的目标仍然是为遗传学家，分子生物学家和其他研究人员研究我们自己的物种和其他脊椎动物和模式生物的基因组而提供集中的资源。Ensembl是几个知名的基因组浏览器之一，用于检索基因组学信息。相似的数据库和浏览器还被发现在美国国家生物技术信息中心NCBI和加州大学圣克鲁兹分校的UCSC基因组浏览器。

Ensembl与NCBI Map Viewer和UCSC的区别

Ensembl与NCBI的NCBI Map Viewer和UCSC是最为常用基因组检索数据库。Ensembl 与NCBI Map Viewer和UCSC最大区别表现在以下5点：

1. Ensembl的基因数据集是依据mRNA和蛋内序列的数据信息白动注释的。数据来源为新的基因组数据，UniProt/SwissProt和UniProt/TrEMBL的蛋白序列，NCBI的RefSeq里的DNA和蛋白序列和EMBL的cDNA序列。
2. Ensembl是一个开源（Perl API ）的全自动的基因注释软件系统，很多网站都采用Ensembl这套软件系统。
3. Ensembl拥存其特有的BioMart功能。BioMart可以依据设定的要求对基 因组进行条件性检索，检索的结果吋以以图表的形式给出。
4. 与其它数据库相整合，比如DA