ngs中reads mapping-pku的生信课程

4.NGS中的reads mapping

顾名思义，就是将测序的得到的DNA定位在基因组上。

因为二代测序的得到的序列是较短的，reads mapping很好地解决了这个问题。

 

本质上reads mapping是一个双序列比对问题，但和之前讲的NW和SW的不一样，后者适用于两者长度相差不大的。

现在问题有几个特征：

1.reads和ref的长度有着跨数量级的差异，reads长度通常不超过100bp，而ref基因组通常在上百Mb。

2.数据量，NGS测序产生的数据量达到几百Gb，相当于几十个人的人类基因组。

3.数据质量。在双序列比对中通常假定序列本身不会出错，但是NGS所产生的reads质量参差不齐。

reads可以说是镶嵌到基因组序列中的，对于基因组来说是局部比对，对于reads来说是全局比对，是一个混合型的alignment。

首先对基因