笔记：R输入文件数据处理txt, csv,画饼图

R输入文件数据处理txt, csv, xlsx

数据处理

1）获取文件类型

parts = strsplit(infile, split=".", fixed = TRUE)
ftype = parts[[1]][length(parts[[1]])]

2）根据文件类型选择输入方式

if (ftype == "csv"){
	loandata<<-data.frame(read.csv(infile,header = 1));
}else if(ftype == "txt"){
	loandata<<-read.delim(infile);
}

3）获取指定数据: 根据列名获取指定列

eachsp=subset(loandata, select=c(indexname, colname))

4）让数据针对某列进行排序

sorteachsp=eachsp[order(eachsp[,2],decreasing=T),]
row=nrow(sorteachsp)   # 查看矩阵sorteachsp的行数 (127)
col=ncol(sorteachsp)   # 查看矩阵sorteachsp的列数 (2)
#设置taxon为索引
rownames(sorteachsp)=sorteachsp[,1]

作图

1）布局

#par(pin=c(3, 3), mfrow=c(1,1), oma=c(0, 0, 0.5, 0), mai=c(0,0,0,0), mar=c(0,0,0,0), omi=c(0,0,0,0)) 
par(omi=c(0,3,0,3) + 0.1, pin = c(1,1))
clockwise = TRUE  #逆时针TRUE

2）作图

#设置颜色
piecolors=rainbow(length(taxo_out))

3）生成图片

作图：png

piecolors=asscolors[1:11]
outfile=paste(prefix, ".png", sep = "")
png(file=outfile,width=1800,height=1800)
pie(new_value_out, labels=new_taxo_value, main = "", radius = 0.45, col=piecolors, clockwise = FALSE, init.angle = if(clockwise) 70 else 0, border = NULL, cex=2)
#legend("bottom", taxo_out, cex=0.8, fill=piecolors, ncol=3, x.intersp = 0.5, y.intersp = 1)
dev.off()

作图：pdf

outfile=paste(prefix, ".pdf", sep = "")
pdf(file=outfile)
pie(value_out, labels=taxo_value, main = "", radius = 0.5, col=piecolors, clockwise = FALSE, init.angle = if(clockwise) 70 else 0, border = NULL, cex=1)
legend("bottom", taxo_out, cex=0.6, fill=piecolors, ncol=3, x.intersp = 0.5, y.intersp = 0.8)
dev.off()

函数说明

参考 ： Data Frame.