python绘制基因结构图_使用TBtools绘制进化树+motif分析+基因结构~三图合一

今天推文的内容重点是画图用到的输入文件的准备，推文内容来自 读者投稿。这位读者提到了关于本期推文的内容可以添加 她 的微信一起讨论。如果想要加微信可以直接在文末留言！

image.png

图一

基因家族分析的论文中通常会把基因家族成员的进化树、基因结构、motif分析放在一张图里。效果如图一。准备这个图 除了把各部分画出来再使用ps将图片拼接起来以外，还可以用TBtools直接绘制这种效果的图片。其实绘制方法并不难，对于小白来说不友好的是准备绘图所需要的文件，本文旨在帮助像我一样刚入门的生信小白解决如何准备绘图文件的问题以及说明绘图过程中的一些注意点，希望对你有所帮助。

作图所需要的文件(本文重点)

作图前，有一点要注意的是：三个文件中序列的ID要修改统一。不统一的话会报错，导致绘图失败。然后继续说重点，如何准备绘图所需的三个文件。

1 准备nwk格式的进化树文件

MEGA构建进化树的结果文件：nwk文件，提供进化信息。这个文件准备比较容易。把蛋白质全长序列的fastA文件放入MEGA中中进行多序列比对，比对完成后保存为MEG类型文件。用MEG文件构建进化树，构建进化树结果保存为nwk类型即可。

2 MEME分析结果文件meme.xml

提供对应基因蛋白序列的motif结构信息。在Linux中安装MEME后，运行以下命令(如图二)，我把命令的各部分解释给标记上了，可以根据需要灵活修改。这个命令