基因结构显示服务器,GSDS: a gene structure display serverGSDS: 基因结构显示系统

摘要:

We developed a web server GSDS (Gene Structure Display Server) for drawing gene structure schematic diagrams. Users can submit three types of data:CDS and genomic sequences,NCBI GenBank accession numbers or GIs,exon positions on a gene. GSDS uses this information to obtain the gene structure and draw diagram for it. Users can also designate some special regions to mark on the gene structure diagram. The output result will be PNG or SVG format picture. The corresponding sequence will be shown in a new window by clicking the picture in PNG format. A Chinese version for the main page is also built. The GSDS is available on http://gsds.cbi.pku.edu.cn/.

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绘制基因外显子图通常用于生物信息学领域,它可以帮助我们可视化一个基因的编码部分(外显子)相对于其完整DNA序列的位置。外显子是指基因中能被转录并最终翻译成蛋白质的部分,而内含子则是非编码区。在gsds(Genomic Scale Visualization and Analysis in R)这个R包中,你可以按照以下步骤创建基因外显子图: 1. **安装和加载库**:首先确保已安装`ggplot2`, `gridExtra`, 和 `ggbio` 等绘图相关的R包。可以使用`install.packages()`命令安装,然后用`library()`加载。 ```r if (!requireNamespace("ggplot2", quietly = TRUE)) { install.packages("ggplot2") } library(ggplot2) library(gridExtra) library(ggbio) ``` 2. **获取数据**:你需要有包含基因序列和外显子位置的数据文件,通常是以BED、GFF或gtf等格式。例如,你可以使用`TxDb`类的对象,这是`GenomicFeatures`包处理基因组注释数据的标准方式。 ```r library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene) txdb <- TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene ``` 3. **提取外显子**:通过`exonsBy()`函数从`TxDb`中提取外显子的信息,包括位置和ID。 ```r exonData <- exonsBy(txdb, by="gene") ``` 4. **绘制图形**:使用`ggplot()`函数创建图形,将外显子的位置表示出来,并可能添加其他元素如染色体名称、起点和终点等。例如: ```r exonPlot <- ggplot(exonData, aes(x=start, y=gene_id, group=seqname, fill=id)) + geom_segment(arrow = arrow(length = unit(0.5,"cm"))) + geom_point() + scale_fill_manual(values = c("#E69F00", "#56B4E9")) + # 设置颜色映射 labs(title = "Human Gene Exons on chr1", x = "Position (bp)", y = "Gene ID") + theme_minimal() ``` 5. **合并和调整布局**:如果需要在同一张图上展示多个外显子图,可以使用`grid.arrange()`来自`gridExtra`包来拼接多个小图。 ```r # 根据实际需要调整行数和列数 grid.arrange(exonPlot, ncol = 2) ```
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