使用gsds绘制基因结构图_使用 GSDS 绘制基因结构图

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GSDS 是由北京大学生物信息学中心提供的用于显示基因外显子、内含子、保守元件的组成和位置的一个在线服务，全英文界面。由于有些地方不是很好操做，这里把我的步骤列在下面。

sequence (FASTA)格式

GSDS 2.0 目前提供四种格式：BED、GenBank Accession Number or GI、GTF/GFF3 和 sequence (FASTA)。前三种我都不会，所以不讲。

选中 sequence (FASTA) 格式后，要求上传 CDS sequence (FASTA) 和 Genomic sequence (FASTA) 两种文件。

1. 获取 CDS sequence (FASTA)

CDS sequence (FASTA) 可以批量获取。打开 NCBI Batch Entrez，选择Protein，上传登陆号文件，具体参考 这个 。旁边 Send to 的时候选择 FASTA CDS 就可以。

2. 获取 Genomic sequence (FASTA)

而 Genomic sequence (FASTA) 获取就较为繁琐，目前我还不知道有啥不用脚本就可以批量下载的方法。超费时间的手动获取方法流程如下：点击列表，进入单个基因详情页

点击右下 FASTA，获取 DNA FASTA，复制结果，粘贴保存到同一个文件里

下拉，找到 mRNA and Protein(s) 这一栏，对应的是蛋白质登陆号。

那么在详情页里获取到的必要信息有：LOC105628049

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