linux怎么查看fastq格式文件,2020-01-11 了解FASTQ格式并处理FASTQ文件

FASTQ文件格式是测序仪展示数据的标准格式，可以看成FASTA文件的变种(FASTA+Q)，因为其包含了对序列中每个碱基的Qualify Measurement。(如：碱基A出错的可能性是1/1000)

FASTQ格式详述

FASTQ格式包括4个部分，每个部分1行，格式同FASTA相似，但缺陷也更多：

类似FASTA的头部，以@而非>起始，后跟ID和描述文本

测定的序列，通常为1行，但有时也会换行，最后以+指示下一部分

由+表示(后面有时会跟着和第一部分相同的id和header)

编码第2部分测定序列的质量值，长度必须同第2部分相同，换行方式也要同第2部分相同

第4部分看着有点奇怪，其实是通过转码将两位数字的Phred Score转换为1个字符的Quality Score

第一行为FASTQ quality codes

第二行为Quality Score (Q)/Phred Score (P)

Sanger(+33)格式

错误率公式：Error=10ˆ(-P/10)

编码为I，P=40，错误率为10^(-40/10)=0.01%

以前还用过一种老的+64格式的FASTQ编码：