weixin_46530443-CSDN博客

原创使用maker进行基因组注释

所遇到的100个问题。（我使用过的maker主要是老师和师姐装的，如果自己装，最少还要遇到一百个问题）1.maker要在/dev/shm下运行，有点类似计算机的运行内存；2.如果提示某个perl脚本环境有问题，依照提示修改脚本环境变量相应行即可；3.运行new_species.pl遇到报错：设置图中的AUGUSTUS_CONFIG_PATH即可；4.注释出的雌株雄株基因数目相差过大，合并第二轮augustus和snap的模型后进行最后一步maker注释；5.使用maker2zff 遇到报错：

2021-12-09 10:37:04 2356

原创 bamtools拆分bam文件

bamtools拆分bam文件sRNA使用shortstack比对到基因组上的比对文件是合并的bam文件，需要按照样品将其拆分，使用bamtools进行拆分：bamtools split -in merged_alignments.bam -tag RG运行时间较久，有更好的方式再来更新。...

2021-12-07 14:19:19 1189 1

原创 linux下处理fastq格式文件

1.统计每条序列长度：awk '{if(NR%4==2){print}}' s1_1.fq |awk '{print length($1)}'

2021-09-15 09:45:59 470

原创计算反转录转座子插入时间三：MEGA批量化处理

得到了成对的LTRs后，可根据两条LTR序列的不同，根据K-2模型计算K——每个核苷酸位点的平均替代数，使用MEGA进行计算。由于文件众多，需要多次处理，使用MEGA-cc进行处理。安装方法参考https://blog.csdn.net/g_r_c/article/details/22602071安装完成后，打开MEGA，点击右下角PROTOTYPE，进入模拟模式，选择序列类型（我使用Nucleotide non-coding）ALIGN——MUSCLE，使用默认参数点击确定生成比对配置文件*.mao。

2021-09-14 18:46:25 1563 6

原创计算反转录转座子插入时间二：提取成对LTRs序列

上一篇讲了反转录转座子插入时间的计算原理，这篇主要是计算过程。首先使用ltr_finder和ltr_harvest对基因组中的反转录转座子进行预测，之后用LTR_retriever整合预测结果，流程主要参考徐洲更先生的博文，输出结果如下：图源：https://www.jianshu.com/p/f962d5c40fdf其中*.fa.pass.list.gff3内包含有所有完整的反转录转座子，内容如下：每个block表示一个反转录转座子，第一行为整个LTR-RT的区域，4、5行分别...

2021-09-13 21:42:20 3472 1

原创计算反转录转座子插入时间一：计算原理

转座子（Transposable elements, TEs）又称为转座原件，是一类特殊的DNA序列，可以通过转录或逆转录，在内切酶的作用下从染色体一个位置跳跃到另一个位置。根据转座方式不同，转座子可以分为三类[1]：I型转座子又称为反转录转座子（retrotransposon），在转座时，先以DNA为模板转录成一段mRNA，再以其为模板反转录成cDNA，在整合酶的作用下整合到基因组的新位置上。II型转座子又称转座子（transposon），在转座酶的作用下，从原来的位置解离下来，再重新整合到染色体上

2021-09-12 18:07:11 3089 1

原创 linux 进程后台挂断，查看与终止

linux 后台挂断1.nohup command &top -u user_name2.command ctrl+z暂停任务bg 将其放入后台（fg 将后台转入前台）disown -h 设置其忽略hup信号3.进程终止：a.前台进程终止ctrl+cb.后台进程终止jobs 查看job号， kill %numps查看job进程号（PID），kill pid...

2021-01-19 16:21:29 185

原创 bowtie2的安装与环境配置

bowtie2的安装与环境配置wget --no-check-certificate https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.4.2/bowtie2-2.4.2-linux-x86_64.zip/downloadexport PATH=/home/yfeng/biosoft/Bowtie2/bowtie2-2.4.2-linux-x86_64/:$PATHbowtie2

2021-01-19 16:06:21 1820

原创报错：ls command not found

报错：ls command not foundexport PATH=/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin（仅记录

2021-01-19 16:01:52 95

原创 linux 文件及文件夹操作

linux 文件及文件夹操作修改文件夹名称：mv name1 name2（name2不存在）移动文件：mv file1 directory删除文件夹：rm -rf directory解压文件：gzip -d *.gzunzip *.zipbzip -d *.bz2压缩文件gzip file打包文件：tar cvf filename.tar file解包文件：tar -xvf filename.tar...

2021-01-19 15:58:18 48

原创 exon ，UTR, ORF与 CDS

exon ，UTR, ORF与 CDSUTRs: untranslated region intronsCDS: Sequence coding for amino acids in protein.A contiguous sequence which begins with, and includes, a start codon and ends with, and includes, a stop codon.Exon: A region of the transcript sequence

2021-01-19 15:29:38 2104

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