RDKit一个用于化学信息学的python库。使用支持向量回归(SVR)来预测logP。 分子的输入结构特征是摩根指纹,输出是logP。
代码示例:
#导入依赖库
import numpy as np
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem.Crippen import MolLogP
from rdkit import Chem, DataStructs
from rdkit.Chem import AllChem
from sklearn.svm import SVR
from sklearn.metrics import mean_squared_error, r2_score
from scipy import stats
import matplotlib.pyplot as plt
载入smile分子库,计算morgan指纹和logP
num_mols = 5000
f = open('smiles.txt', 'r')