前言 :有一部分工作中,需要大家做一些关于乙醇等有机小分子的模拟工作。本文作者自动化等专业的背景,学习一些常用的ms等方法实在有极大的难度。特别地,目前一些方法虽然简单,但是具体参数有不同的问题。比如作者同北航的一位小伙伴交流后发现,有一个数据库中乙醇建模后的总电荷数非0!这在lammps计算时会报错。经过一段时间的研究之后,作者自创了一条新的获取有机小分子data文件的路线。在此与各位网友分享。
一、有机小分子建模 思想:1)用packmol+vmd填充到指定的区域中,得到每个原子的坐标;2)使用matlab编程,读上一步得到的*.data文件中的坐标信息,写入原子类别、电荷、速度等信息,再加入键、角、二面角等信息。
1)*.PDB文件的获取 乙醇的*.pdb文件可以在网上找到,而对于乙醇以外的分子模型,可以通过 http://www.rcsb.org/structure/5YTU 找到*.sdf文件。然后通过openbabel软件,将*.sdf转换成.pdb。这里的pdb文件只有一个分子!
lammps建模_Lammps经验谈之有机小分子建模及oplsaa力场使用
最新推荐文章于 2024-06-22 21:22:58 发布
本文介绍了如何使用Lammps进行有机小分子,如乙醇的建模,包括从pdb文件获取、packmol和vmd的使用,以及如何利用matlab编写data文件。同时,探讨了OPLS-AA力场的应用,并提到与其他力场混合使用的问题,邀请读者共同研究。
摘要由CSDN通过智能技术生成