lammps建模_Lammps经验谈之有机小分子建模及oplsaa力场使用

前言 ：有一部分工作中，需要大家做一些关于乙醇等有机小分子的模拟工作。本文作者自动化等专业的背景，学习一些常用的ms等方法实在有极大的难度。特别地，目前一些方法虽然简单，但是具体参数有不同的问题。比如作者同北航的一位小伙伴交流后发现，有一个数据库中乙醇建模后的总电荷数非0！这在lammps计算时会报错。经过一段时间的研究之后，作者自创了一条新的获取有机小分子data文件的路线。在此与各位网友分享。 一、有机小分子建模     思想：1)用packmol+vmd填充到指定的区域中，得到每个原子的坐标；2)使用matlab编程，读上一步得到的*.data文件中的坐标信息，写入原子类别、电荷、速度等信息，再加入键、角、二面角等信息。      1)*.PDB文件的获取     乙醇的*.pdb文件可以在网上找到，而对于乙醇以外的分子模型，可以通过 http://www.rcsb.org/structure/5YTU     找到*.sdf文件。然后通过openbabel软件，将*.sdf转换成.pdb。这里的pdb文件只有一个分子！