大家好,我是小马老师。
本文介绍lammps compass力场的设置和建模方法。
compass力场在ms中用的比较多,但是在lammps中用的较少,因为很多参数不是公开的,限制了这个力场的应用范围。
本文以聚乙烯为例,介绍compass力场的设置方法。
(1)在ms中使用AC模块建一个包含10个链的聚乙烯模型,力场选择compass力场
(2)导出car文件,使用msi2lmp进行转换。
compass力场和pcff力场类似,对应的转换类型为2(或II),因此,msi2lmp转换命令为:
msi2lmp PE -class II -frc compass_published -i>data.pe
上式中的compass_published对应lammps自带的力场文件compass_published.frc,windows版本的lammps中,这个文件在lammps安装目录的frc_files文件夹,ubuntu版本的lammps中,这个文件在安装目录的tools/msi2lmp/frc_files,如果以上命令不能用,先查找一下这个文件是否存在。
(3)转换完成后会生成data文件,打开data文件,可以看到参数基本是齐全的。
如果个别原子的参数为0,说明compass_published.frc文件不包含这个原子的力场,可以尝试到论文查查力场参数,如果查不到,可能就需要换力场类型。
在lammps中,compass对应的设置命令为:
pair_style lj/class2/coul/long
bond_style class2
angle_style class2
dihedral_style class2
improper_style class2
special_bonds lj/coul 0 0 1