MIMIC数据库安装软件

最新推荐文章于 2024-06-26 14:32:38 发布

科研收录

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文章标签：数据库

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_36172141/article/details/132558261

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要想顺利安装好MIMIC数据库，需要事先准备以下工具：

Postgres数据库：用来导入mimic数据

7Z解压缩软件：用来解压缩MIMIC数据集

MIMIC数据库安装脚本

一、软件准备

1，Postgres数据库

下载地址：https://www.enterprisedb.com/downloads/postgres-postgresql-downloads

小伙伴们根据自己的操作系统下载就可以，我下载的是Windows64位版本。

2, 7Z解压缩软件

这个软件是用来解压缩MIMIC数据集用的，大家可以在网上下载。7-Zip 官方中文网站

3, MIMIC数据库安装脚本

下载地址：https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/tree/main

github网站可能需要翻墙才能访问。

以上软件跟脚本，如果小伙伴们无法下载，关注微信公众号 "科研收录", 回复 "MIMIC数据库安装脚本"

二、安装Postgres数据库

注意：安装Postgres数据库，一定要选择一个空闲空间大于100G的硬盘，因为MIMIC数据集非常大，全部安装后会将近100G.

我们点击安装包程序，然后就会进入PostgreSQL的安装界面。

点击"Next >"

选择安装路径后点击"Next >"

点击"Next >"。（pgAdmin4是客户端软件，如果同学们已经安装了navicat，则不需要安装pgAdmin4）

选择数据库数据文件存放路径后点击"Next >"（这里一定要选择一个可用容量大于100G的磁盘，因为mimiciv数据将近100G）

输入数据库管理员密码后点击"Next >"（这里输入的密码是管理员密码，拥有最高权限，一定要记住）

端口号选择默认的5432后点击"Next >"(这个默认端口号不要改)

这里不要动，点击"Next >"

以下是确认配置页，确认点击"Next >"，觉得不对的话可以点击"<Back"

点击"Next >"

等待安装（大概几分钟）

安装完成后，取消勾选“Stack Builder”，点击"finish"就完成了安装。

测试postgres

在刚才postgres安装目录下找到scripts文件夹下的runpsql.bat文件，双击该文件，就会打开postgres默认的客户端。

一直按回车，直到提示你输入管理员密码

在这里输入安装时输入的管理员密码

输入密码按回车后，如果看到"postgres=#"，表示已经安装成功。

三，安装7Z解压缩软件

点击下载好的7Z安装包，就进入安装界面，7Z的安装很简单，就一步。

四、导入MIMIC数据

安装脚本介绍

原本官方的安装脚本一共有8个，但是我们一般只会使用其中的4个脚本就可以，为了简化学习，小编只列出了需要安装的这4个脚本：

以上4个脚本一定要按照顺序执行！！！

创建数据库

打开psql

在psql中执行以下代码创建mimiciv数据库

#创建mimic数据库
DROP DATABASE IF EXISTS mimiciv;
CREATE DATABASE mimiciv OWNER postgres;

创建表

执行以下语句创建表，注意：windows系统下脚本目录请使用正斜杠

#切换到mimiciv数据库
\c mimiciv
#生成表，create.sql是生成表的目录，注意使用正斜杠
\i D:/workspace/mimic-code-main/mimic-iv/buildmimic/postgres/create.sql

导入数据

执行以下语语句，通过7z加载mimiciv数据，其中mimic_data_dir为mimiciv数据存放路径

# 设置mimic数据存放路径
\set mimic_data_dir 'D:/mimic/mimiciv-data/mimic-iv-2.2'
# 加载数据
\i D:/workspace/mimic-code-main/mimic-iv/buildmimic/postgres/load_7z.sq

数据导入过程会比较漫长，一般需求几个小时才能完成，而且导入的过程中可能会出现假死的情况，需要每隔一小段时间按下Enter键以便继续导入。数据的导入完成后，可以在navicat上查看导入的数据。

创建主键

执行以下语句，创建表的主键

# 创建主键
\i D:/workspace/mimic-code-main/mimic-iv/buildmimic/postgres/constraint.sql

主键创建完毕后，可以在navicat中校验主键是否创建成功，在navicat中选中表，右键点击“设计表”，如果看到一个类似于钥匙的图标，则表示主键创建成功了。

创建索引

执行以下脚本创建索引

# 增加索引
\i D:/workspace/mimic-code-main/mimic-iv/buildmimic/postgres/index.sql

创建索引的过程也会比较长，可能会持续一个多小时，创建完毕后，可以在navicat中检查索引是否创建成功。选中表之后，右键点击“设计表”，然后点击“索引”选项卡，如果索引选项卡下有数据，则说明索引已经创建成功。

至此，mimiciv数据就成功导入到postgres了，如果需要安装脚本请关注公众号“科研收录”，后台回复“mimic安装脚本”即可。如果同学们在数据库安装过程中遇到任何困难，也可后台私聊小编。