什么是Biopython?
Biopython工程是一个使用Python来开发计算分子生物学工具的国际团体。(http://www.python.org)
Python是一种面向对象的、解释型的、灵活的语言,在计算机科学中日益流行。Python易学,语法明晰,并且能很容易的使用以C,C++或者FORTRAN编写的模块实现扩展。
Biopython官网(http://www.biopython.org)为使用和研究生物信息学的开发者提供了一个在线的资源库,包括模块、脚本以及一些基于Python的软件的网站链接。一般来讲,Biopython致力于通过创造高质量的和可重复利用的模块及类,从而使得Python在生物信息学中的应用变得更加容易。Biopython的特点包括解析各种生物信息学格式的文件(BLAST,
Clustalw,
FASTA,Genbank...),访问在线的服务器(NCBI,Expasy...),常见和不那么常见程序的接口(Clustalw,
DSSP,MSMS...),标准的序列类,各种收集的模块,KD树数据结构等等,还有一些文档。
基本来说,我们喜欢使用Python来编程,并且希望通过创建高质量、可复用的模块和脚本来使得Python在生物信息学中的应用变得容易。