采用MS建模的基本步骤
lanjh 20070409
第一种情况: 从程序自带的各种晶体及有机模型中导入体系的晶胞
1.
打开MS,由file>import>structures>metals>pure-metals>Fe导入Fe的晶胞。
2.
由build>Surfaces>cleave
Surfaces打开对话框.
在对话框中输入要建立的晶面(hkl),选择position,其中depth控制晶面层数。
3.
进入build>Supercell,输入A
、B 、C的值,得到想要的超晶胞。
4. 到该步骤,我们已经建立了一个周期性的超晶胞。如果要做周期性计算,则应选择build>Crystals>build
vaccum
slab,其中真空层通常选择10埃以上。如果建立团簇模型则选择build>Symmetry>Non-periodic
Structure,去掉模型的周期性,并跟据自己的实际需要删除部分原子,得到想要的团簇模型。
5. 在表面插入分子时通过菜单栏上的几个小图标添加即可。
第二种情况: 手动建模,优点是可控制晶格常数。
6. 首先从文献中查到晶体的晶格常数的实验值。
7.
打开build>Crystals>build
crystals,可见到对话框。
在对话框中选择空间群与点群,然后在Lattice
Parameter中设置晶胞基矢的长度及夹角。
8. 然后打开build>Add
atom,从对话框中输入坐标。这里只需输入几个有代表性的原子的坐标,不必全部输入。在坐标输入前首先在option页面中选择coordinate
system,或者分数坐标或者卡迪尔坐标。
9. 以下步骤重复2-5步。
10.
需要注意的是,采取什么样的团簇并不是任意的。原因是很多模型构造出来后在优化过程中往往不收敛。要避免这个问题的办法是查阅文献,参考文献上模型进行选取,因为它们的模型通常是经过试验证实收敛的。
几点说明
1.
与高斯相比,dmol3能够计算的体系更大。如果要研究表面的吸附,而模拟表面的团簇模型又比较大,建议采用dmol3。如果计算的是局部化学反应,而体系也不是很大,则可以使用高斯。
2. 关于是否考虑周期性条件的问题
研究金属表面时,团簇计算方法在前些年由于计算量小曾经被广泛的应用过,直到现在也被很多人在使用着,主要被用来计算吸附和多个分子的共吸附等,即不考虑化学键的断裂。近年来由于国际上计算能力的提升,人们开始考虑周期性条件,这点从JPCA,JPCB,PRL,PRB,JACS等杂志上刊出的文章里也可以看出,但是计算量要大很多。
需要注意的是,由于团簇计算方法没有考虑周期性,即在k空间里只计算了Γ点,采用该方法计算表面的化学键的断裂(即表面扩散问题等)时有可能受到质疑。
3.在研究表面时,通常把团簇固定,只优化吸附在表面的分子,这一点可以通过菜单栏上的Modify>Constraint实现。首先选定团簇中需要固定的原子,然后在下面的对话框中打勾。同时也可以在Measurement里固定部分键长和键角。
4. 关于计算参数设置
主要有几个参数需要注意
1 对于Electronic页面,需要注意的是Core
treatment,对于过渡金属原子通常需要考虑相对论效应,因此一般不使用All
Electron方法。其他几种方法任选。
Basis
set应为DNP,Setup下的Quality一般选fine。为了提高计算速度,一个较好的办法是先用粗糙的Basis
set和Quality进行优化,然后再提高精度。
2
还有一个非常重要的选项是Electronic>More>SCF里的Use
smearing。这个关键字有助于加快收敛,但是设的多大往往会产生错误的结果,它也相当于允许的误差范围。具体设置办法可参考help。
其他的关键字可酌情设置。
备注:这里主要是个人的一些经验和心得,如果发现错误欢迎讨论。版权所有:lanjh
以下的的问题是VASP初学者经常遇到的,列出来共同讨论:
1.TEBEG,TEEND的单位是K吗?
答:是K为单位的。
2.在运算中,直接COPY
POSCAR文件到工作目录就可以吗,用不用再POSCAR或INCAR文件中设定参数来控制POSCAR的赝势的选取方法?
答:不大明白你的问题。在一个工作目录准备好INCAR,POSCAR,POTCAR,KPOINTS这四个文件。先看POTCAR中LEXCH后面的值是什么,如果是CA,那么INCAR中就不用设置GGA了;如果是91,那么就在
INCAR 中输入GGA=91;如果是PE,那么就设置GGA=PE。
3.模拟表面,一般SLAB选多厚?
答:自己多测试不同的厚度后,来确定slab 的厚度
4.在KPOINT文件中,如果选取MONKHORST-pack的K点产生办法,K点相对自动网格移动时怎么回事?
答:你可以看看monkhorst,pack1976年在phys. rev.
b上的文献,他们在文献中给出了对于sc,bcc和fcc三种格子的一种效率很高的k点选取标准。但是这种k-mesh的选取方法并不是将第一个点取在倒空间的原点处,而是有一个shift,比如对于fcc而言,这个shift时(1/8,1/8,
1/8)。但是这种mp方法对于正交格子适用,而对于三方或者六方的格子则并不好。因此这时建议采用gamma点为中心的k-mesh(vasp用户手册)
5.想做表面重构,VASP 能做吗,能用分子动力学模拟吗,怎么设置参数?
答:做重构的计算,一般用分子动力学的方式来模拟。你可以参考文献上模拟表面体系重构的作法。大多是采用比较几个表面模式的能量以及相关的热力学量。
6.不指定电子的总SPIN,会有影响吗,一般 什么体系才考虑自旋?
答:你做的体系是否包含3d-过渡金属离子(V至Ni)或其他含f电子的原子,如果没有的话,可以不考虑自旋极化的计算。
7.表面的原子或分子的运动,扩散还有重构,IBRION怎么设定?
答:是扩散的化,一般用NEB的方法计算其扩散路径或扩散势垒。
8.如果知道一个化合物的组成,想计算它的总能一般应怎么办?同时如果一直组成如何在常温下计算它的稳定结构,比如FeMgCl2?
答:计算总能,自己准备好vasp的输入文件,运算后就直接得到。可能考虑它的结合能比较好。
9.在计算一个系统的稳定结构时,SMASS参数如何设置?
答:看你是计算这个稳定结构的什么性质:计算总能和DOS,用ISMEAR=-5,不用管SMASS。
10.具体给介绍一下STM图像的模拟办法,如何计算特定的能带,还有计算完成后一般去那个文件查找对自己有用的数据?
答:一般来说用parchg做个图就可以了,当然以上方法仅限于T-H近似。
上述文章的作者是elizerbeth,文章来源:songjuntao,valenhou,satchel1979,jiwei@zixia