宏转录组方法_8个样本发9分PNAS：宏转录组 PK 宏基因组

导读

这篇文章仅仅纳入了8个检测对象，但是作者用这屈指可数的样本不仅分析了冷冻、乙醇、RNAlater三种保存方法对标本的微生物群组成、宏基因组和宏转录组的影响，还分析了口腔和肠道微生物在微生物群组成、宏基因组和和宏转录组上的关系，最后还详细的比较了肠道宏基因组与肠道宏转录组之间的差异。因此，虽然这篇文章早在2014年就已经由大佬Huttenhower发表在PNAS上了，但是我还是想拿出来讲一讲。篇幅有限，感兴趣的朋友一定要看原文哦。

一、介绍

1. 摘要：

尽管人体微生物群组成的研究取得了很好的进展，但是微生物群中的超过 800万的基因及其调控仍然没有被描述清楚。部分原因是难以获得大量的适合做微生物群功能研究的标本。因此我们设计了前瞻性队列研究：1)在多个体多部位采集标本；2)用多种方法保存；3)先人一步进行了人体宏基因组和宏转录组的联合分析。内容1：收集8名健康受试者的粪便标本和唾液标本，然后分别用三种不同的方法(冷冻、乙醇、RNAlater)保存粪便以比较收集方法对微生物群组成、宏基因组和宏转录组的影响。内容2：分析同一个体不同部位的宏测序数据，研究口腔和肠道微生物之间的关系。内容3：分析肠道宏测序数据，比较宏基因组与宏转录组。

2. 文章简介

Title：Relating the metatranscriptome and metagenome of the human gut

标题：人体肠道中的宏基因组与宏转录组

发表杂志：PNAS，美国科学院院报

影响因子：9.58

通讯：Curtis Huttenhower

单位：哈佛大学生物统计学系

时间&