微生物组学研究手段概览2——宏基因组和宏转录组

原创： 林二狗  宇宙实验媛  

宏基因组

宏基因组测序是将环境总DNA提取出来，随机打断成300/500bp的小片段，然后在片段两端加入通用引物进行PCR扩增测序，然后对测序数据进行质控，再将高质量序列拼接，根据数据库参考信息，对基因序列进行预测和功能注释，最终获得重要的宏基因组信息，如序列组成（GC含量、基因组大小等）、物种组成、功能组成和群落特征等。

 

相比于16S扩增子测序，宏基因组测序能够使物种鉴定深度达到“种”，而前者往往只能达到“属”的级别。另外，基于16S扩增子测序的基因预测结果（预测方法请参见往期内容“微生物组学研究手段概览——扩增子测序”）是依据数据库中的参考序列得到的，宏基因组测序则提供了菌群实际的基因信息。所以，如果不考虑经费的限制，宏基因组测序是能够更准确地研究微生物组及其功能的方法。

 

 

图1. 宏基因组学研究的生物信息工作内容（doi: 10.1371/journal.pcbi.1002808）。

 

 

 

 

图2. 宏基因组数据处理的基本流程和需用软件（有具体操作需求的同学可以通过下面网址下载英文相关教程https://github.com/TGAC/361Division/tree/master/Metagenomics 2015)