r语言 转录本结构及丰度_肠道菌群：宏转录组测序分析流程解读

上回给大家讲述了16S测序分析 和 宏基因组测序分析，本期的宏转录组来啦~

你知道吗？通过16S测序分析 和 宏基因组测序分析，我们只能够知道肠道菌群做好事或坏事的潜力，而并不知道它们此时此刻正在我们体内干神马，通过宏转录组测序分析有助于发现真相。

image

基因无论是启动还是关闭，菌内的原始DNA拷贝数始终保持恒定，而真正发挥作用的是RNA。

菌群的代谢特征不是来自于恒定的基因序列，而是决定于基因转录出来的RNA数量。

什么是宏转录组学？

宏转录组学是一门在整体水平上研究某一特定环境、特定时期微生物群落中全基因组转录情况以及转录调控规律的学科。

宏转录组测序是可原位研究特定生境、特定时空下微生物群落中活跃菌种的组成以及活性基因的表达情况。

为什么进行宏转录组学研究？

与宏基因组相比，宏转录组具有明显的研究优势，因为在DNA水平上基因的存在，并不意味着该基因具有转录活性并发挥作用，特别在复杂环境例如土壤当中这些微生物很难同时大量分裂增殖而发挥重要功能。

宏转录组能在进行物种鉴定的同时，也能研究特定时空下有活性的微生物群落组成和活性基因的表达情况。

image

宏转录组RNA样本制备方法

在原核生物中，mRNA 只占全部 RNA 的 1-5%，其余绝大部分是16S 和 23S 核糖体RNA以及tRNA，因此要测序 mRNA 首先必须先将 mRNA 纯化出来。但是，原核生物并不像真核生物 mRNA 具有 poly A 的结构，因此，无法直接利用 oligo T 将 mRNA 纯化出来。

如何提升原核生物 mRNA 的量，这是宏转录组测序的关键问题。

目前，提升原核生物 mRNA 的量，最主要的方式分为两大类，第一类是去除rRNA (图 a 与 b )。