RELION *.star坐标文件 与 EMAN1.9版本的 *.box文件 格式互转换

RELION *.star坐标文件 与 EMAN1.9版本的 *.box文件 格式互转换

基于RELION 3.1.0中star坐标文件格式编写

RELION 和EMAN 中图像的坐标原点不同：relion是图像的中心为原点，而eman是以图像的左上角为原点，所以转换时要注意变换关系（相差 boxsize/2）。

1 *.star 文件转 *.box文件

运行后

目录截图：

代码：

#!/usr/bin/env python3
# -*- coding: utf-8 -*-
"""
Created on Mon Mar 22 15:30:48 2021

@author: junquan
"""


import json
import os

#本程序与 *.star 文件放置同一文件夹下运行

boxsize=60  #手动设置boxsize
#==============================read================================================
def readstar(starfileName):
    with open(starfileName,'r',encoding='utf8')as fp:
        xylist=[]
        for line in fp.readlines()[11:]:
            xy_val=line.split()[0:2]
            x=xy_val[0]
            y=xy_val[1]
            xylist.append([x,y])
            
        print(xylist)  
    return xylist    
#==============================write==============================================       
def writeBox(xylist,starfileName):    
    boxfilename=starfileName.replace("_manualpick.star",".box")      
    with open(boxfilename,"w") as fp:    
        for ln in xylist:
            x=int(float(ln[0])-boxsize/2)
            y=int(float(ln[1])-boxsize/2)
            if x>=0 and y>=0:
                fp.write(str(x)+"  "+str(y)+"  "+str(boxsize)+" "+str(boxsize)+" -3 \n")
                print("写入成功")
            else:
                print("pick out")
        
#=========================================================================    

cFileNumber = 0
dir = cur_path = os.getcwd()                                   #指定文件夹的路径                  

if not os.path.exists("boxs"):
    os.makedirs("boxs")
for root, dirs, files in os.walk(dir):                         #遍历该文件夹
    for file in files:                                        
        (starfileName, extension) = os.path.splitext(file)         
        if (extension == '.star'):                             
            cFileNumber= cFileNumber+1                       
            #print(cFileNumber, os.path.join(root,filename))   
            print("文件名(" + starfileName + ')')                 
            xylist=readstar(file)
            os.chdir("boxs")                     
            writeBox(xylist,file)
            os.chdir("../")

运行该程序时，需要手动改 boxsize 的值

2 *.box文件 转 *.star 文件

代码：

#!/usr/bin/env python3
# -*- coding: utf-8 -*-
"""
Created on Tue Jun 29 15:16:48 2021

@author: junquan
"""


import os
# star文件中的文件头（relion 3.1.0）
headstr="\n\
# version 30001\n\
\n\
data_\n\
\n\
loop_ \n\
_rlnCoordinateX #1 \n\
_rlnCoordinateY #2 \n\
_rlnClassNumber #3 \n\
_rlnAnglePsi #4 \n\
_rlnAutopickFigureOfMerit #5 \n"


#================================read=========================
def readXY(file):
    with open(cur_path+'/'+file,'r',encoding='utf8')as fp:
        xylist=[]
        for line in fp.readlines()[0:]:
            xy_val=line.split()[0:2]
            xylist.append(xy_val)
    return xylist    
#================================write=========================        
def writeXY(xylist,filename):
    starfile=filename+after_suffix
    
    if os.path.exists(starfile):
        print("文件已存在")
        fp = open(starfile,"w")
    else:
        fp = open(starfile,"w")
    fp.write(headstr) 
    print("head写入成功")
    if xylist==[]:
       print("没框")
       with open('result.txt','a')as f:
           f.write("\n没框的文件："+filename+before_suffix)
       f.close()
    else:    
        for each in xylist:    
           xi=int(float(each[0])+boxsize/2)
           yi=int(float(each[1])+boxsize/2)
           x=format(xi,".6f")
           y=format(yi,".6f")
           lx=x.rjust(12)           #数据右对齐
           ly=y.rjust(12)
           print(lx+" "+ly+"            2   -999.00000   -999.00000 ")
           fp.write(lx+" "+ly+"            2   -999.00000   -999.00000 \n")        
    fp.close()
#=================================main==============================
boxsize==int(input("eman的box大小，即.box文件中的第三列数值："))    #即.box的第三列数值，因为eman记录box左上角的坐标，而relion记录的是box中心的坐标
before_suffix=".box"
after_suffix="_manualpick.star"
cFileNumber = 0
dir = cur_path = os.getcwd() 
if not os.path.exists("starx"):
    os.makedirs("starx")
for root, dirs, files in os.walk(dir):                         #遍历该文件夹
    for file in files:                                         
        (filename, extension) = os.path.splitext(file)         
        if (extension == before_suffix):                       #判断该后缀是否为.box文件
            cFileNumber= cFileNumber+1                         
            #print(cFileNumber, os.path.join(root,filename))   
            #print("文件名(" + filename + ')')                    
            xylist=readXY(filename+before_suffix)
            #print(xylist)          
            os.chdir("starx")                     
            writeXY(xylist,filename)
            os.chdir("../")

注意：Linux系统和window系统的文档中 回车符 格式不同，在window下运行代码生成的文档，Linux系统下可能识别会有问题，反之亦然。