Error in DESeqDataSet(se, design = design, ignoreRank) : some values in assay are negative

最新推荐文章于 2024-02-29 15:26:48 发布
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分类专栏： R
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原代码：

  dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = exprSet,
                                colData = colData,
                                design = ~ group_list)

错误原因：exprSet中存在负值 -1

纠正：将矩阵中-1的值进行替换

exprSet[exprSet==-1] <- 0

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转录组入门（7）：差异表达分析
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【代码】Error in DESeqDataSet(se, design = design, ignoreRank) : some values in assay are not integers。
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dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = data, colData = group_list, design = ~ stat) Error in DESeqDataSet(se, design = design, ignoreRank) : some values in assay are not integers
06-01
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07-12
dds (countData = ABC_1, colData = group, design = ~dex) ``` 在这里，我们使用`sapply()`函数将ABC_1数据框中的每一列都转换为整数类型，并将结果重新赋值给ABC_1数据框。然后，我们再次尝试使用...
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基因表达 什么是基因表达，如下是来自于维基百科的解释： Gene expression is the process by which information from a gene is used in the synthesis of a functional gene product. These p...
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现有一个xlsx格式的excel需要进行处理，故需要用python来读取xlsx文本，然后再将处理结果写入xlsx文本。在这里我们将使用xlwt/xlrd库：存Excel文件：（如果存储数据中有字符，那么写法还有点小小的变化）import xlwt workbook = xlwt.Workbook(encoding='utf-8') booksheet = workbook.add_sheet(...
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