hdf5安装_HDF5数据与hdf5r

最新推荐文章于 2024-07-05 10:19:53 发布
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文章标签： hdf5安装
本文介绍了HDF5数据格式的优势和结构，包括数据集、组和元数据。在R语言中，通过hdf5r包可以方便地读写HDF5数据。文章提到了在Mac上安装hdf5r可能遇到的问题及解决办法，并展示了创建、保存和读取HDF5文件的示例代码。
摘要由CSDN通过智能技术生成

HDF5数据格式

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HDF5是Hierarchical Data Format(HDF)第5代的简称，起源于高性能计算领域，目前标准由非营利组织The HDF Group[1]组织开发和维护。其优点在于

•(1)原始表示：数据不必转换成文本，不涉及到转换误差；•(2)自我描述：数据类型直接写在文件中，可以被自动识别；•(3)跨语言：支持所有主流语言，有多重查看器

但是其缺点在于并非人类直接可阅读的数据格式，且对ASCII之外的字符支持没有标准，不保证可以准确处理中文。

HDF5由数据集(Dataset)、组(Group)以及元数据(Metadata)组成。数据集用于储存多维数组；组是数据集的容器，并且可以嵌套；元数据则用于描述数据集或者组的特征，例如数据名称，数据类型等。

hdf5r

在R语言中使用hdf5r包来读写HDF5数据，这里我们简单介绍一下hdf5r的基本操作。想更深入了解HDF5数据格式的读者可以直接到The HDF Group官网阅读相关文档。想了解更多hdf5r包的读者可以自学其官方教程[2]

注意，使用Mac操作系统的读者在安装hdf5r包的依赖

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weixin_39539761
关注
R语言rhdf5读写hdf5并展示文件组织结构和索引数据
shengyin714959的博客
06-28 350
h5只是一种简单的数据组织格式【层级数据存储格式(HierarchicalDataFormat：HDF)】，该格式被设计用以存储和组织大量数据。在一些单细胞文献中，作者通常会将分析的数据上传到GEO数据库保存为.h5格式文件，而不是我们常见的工程文件(rds文件，表格数据等)，所以为了解析利用这些数据需要对hdf5格式的组织结构有一定的了解。（注：在Seurat包中有现成的函数可以用来提取表达矩阵，但似乎此外无法从h5文件中提取更多的信息）。在R语言中对HDF5进行操作的软件包为。1123456789101
hdf5安装包
07-23
安装caffe的依赖包之一，官网下载太慢了，上传一个方便大家。
hdf5安装_给R语言装rhdf5读取GEO等HDF5文件
weixin_39781783的博客
12-01 2151
生物数据种类随着计算机技术的提升，也在不断的变化。各种文件体量巨大。而且越来越多的文件都变得“不人性化”，你看了它们的格式，都不知道是什么。更不可能用普通的电脑打开。个人爱好，突然发现有些文件格式竟然是根根没见过的HDF5，无奈之下。尝试了安装r包。一开始吃螃蟹很难，尤其是没有进入国际搜索GOOGle的途径，更难。不过还是尝试成功了。BiocManager::install("rhdf5")Bio...
Ubuntu系统下HDF5源码安装使用步骤（基于ubuntu22.04版本）
最新发布
jdhcb的博客
07-05 1154
经历了20多年的发展，HDF格式的最新版本是HDF5，它包含了数据模型，库，和文件格式标准。以其便捷有效，移植性强，灵活可扩展的特点受到了广泛的关注和应用。-L 选项用于指定额外的库文件搜索路径。这里告诉编译器在 /usr/local/hdf5/lib 目录中查找库文件。：确保你的 LD_LIBRARY_PATH 环境变量中包含HDF5库的路径。：将HDF5库的路径添加到系统的库路径中。出现如下输出，代表验证成功，并创建了一个test.h5的数据模型。
安装 HDF5r 包（自用）
shy52019981019的博客
10-27 1210
血的教训千万别本地装，，，，提醒自己有事多刷刷谷歌。然后在网页版的R studio上。在Ubuntu20.4上。
R语言rhdf5读写hdf5文件(.h5)展示文件组织结构和数据索引
Norah 的技术博客
06-23 7999
在一些单细胞文献中，作者通常会将分析的数据上传到GEO数据库保存为.h5格式文件，而不是我们常见的工程文件(rds文件，表格数据等)，为了解析利用这些数据需要对hdf5格式的组织结构有一定的了解。...
HDF5数据文件
weixin_43885541的博客
08-23 715
HDF5 数据文件简介 HDF5 (Hierarchical Data Format) 由美国伊利诺伊大学厄巴纳-香槟分校 UIUC (University of Illinois at Urbana-Champaign) 开发，是一种常见的跨平台数据储存文件，可以存储不同类型的图像和数码数据，并且可以在不同类型的机器上传输，同时还有统一处理这种文件格式的函数库。 HDF5 结构 HDF5 文件一般以 .h5 或者 .hdf5 作为后缀名，需要专门的软件才能打开预览文件的内容。HDF5 文件结构中有 2 p
R安装hdf5r报错：缺少 ‘h5cc’ or ‘h5pcc’
weixin_56205463的博客
02-27 778
R安装hdf5r报错：缺少‘h5cc’or’ or ‘h5pcc’
fake-hdf5r:R包
04-30
通过安装此伪造的hdf5r软件包，用于读取10X HDF5文件的Seurat::Read10X_h5()函数将不起作用。 安装 要安装此伪造的软件包，请执行以下操作： remotes :: install_github( " UCSF-TI/fake-hdf5r " ) 之后，您应该...
linux下安装hdf5教程,Linux安装HDF5及遇到的问题总结
weixin_42467896的博客
05-02 2481
ubuntu版本：16.04.2 64位从HDF官网(https://support.hdfgroup.org/HDF5/)上下载hdf5-1.8.17.tar.gz 简要安装步骤如下：(详细步骤：hdf5-1.8.17/release_docs/INSTALL)$ gunzip < hdf5-X.Y.Z.tar.gz | tar xf - #解压缩$ cd hdf5-X.Y.Z$ ...
Rhdf5lib：以R包形式分发HDF5库
02-25
Rhdf5lib 该R / Bioconductor软件包提供了一种通过R软件包安装HDF5系统库的机制。 当前状态 特拉维斯 生物碳 测试范围 接触 有关错误报告，请在Github上注册一个。 对于使用情况的查询，请在生物导体用Rhdf5lib标签发布问题。 资金 该软件包的持续开发和维护的资金由德国生物信息学基础设施网络提供
hdf5的centos7安装
10-30
如果出现类似于“Please ensure that at least version 1.8.13 is installed ERROR: configuration failed for package ‘hdf5r’ yum -y install hdf5-devel”的错误信息，可以尝试使用yum安装hdf5-devel来解决问题...
R语言：利用rhdf5包分别创建单组学，多组学.h5文件
watermel__的博客
09-02 1180
创建好的.h5文件结构如下，和10X提供的.h5文件结构是一样的。
hdf5r包安装错误
weixin_63736835的博客
03-01 472
解决办法：这个错误信息表明在安装R包 hdf5r 时出现了问题。具体地，错误发生在尝试应用补丁（patch）时，并指示 patch 命令未找到。由于缺少 patch 命令，导致编译失败。在大多数Linux系统中，patch 命令通常通过patch软件包提供。您可以使用系统包管理器安装它。
conda环境下安装hdf5r报错libhdf5_hl.so.100: cannot open shared object file: No such file or directory
weixin_43381791的博客
10-10 815
上找到原因可能是在annaconda环境下没有找到正确的libhdf5_hl.so.100地址，添加LD_LIBRARY_PATH，然后手动把libhdf5_hl.so.100加载出来，就可以成功install了。2，打开conda环境下的R，输入Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH")检查。3，手动加载libhdf5_hl.so.100，就可以成功安装了。1，在终端把hdf5的地址添加到LD_LIBRARY_PATH。
centos7系统中安装 HDF5R 包
qq_36608036的博客
06-04 3965
CENTOS 7 R 中安装 HDF5R 包 在安装 hdf5r 包的时候，提示需要 hdf5-devel >= 1.8.13，而目前CentOS 7 中 yum 只能安裝1.8.12版本，所以只能手动安装高版本的hdf5. 卸载yum安装旧版本后，从官网下载 hdf5-1.10.5安装 wget https://support.hdfgroup.org/ftp/HDF5/releases/hdf5-1.10/hdf5-1.10.5/src/hdf5-1.10.5.tar.gz tar xvf hdf
matlab read命令,求助，Matlab的hdf5read这个命令的具体用法
weixin_39996234的博客
03-26 388
求助，Matlab的hdf5read这个命令的具体用法mip版关注:91答案:2悬赏:80解决时间 2021-01-19 02:41已解决2021-01-18 09:16求助，Matlab的hdf5read这个命令的具体用法最佳答案2021-01-18 09:29>> help hdf5read回车就出来帮助，可查看用法。全部回答1楼2021-01-18 10:15help...
rhdf5 包的安装
weixin_45899312的博客
05-19 1604
install.packages("BiocManager") BiocManager::install("rhdf5") 需要先保证服务器联网。
[HDF5] HDF5安装,编译及使用中的各种问题解决方法(Windows)
qq_35902025的博客
09-26 6955
网上有很多的使用教程，windows下使用相对简单，但是本人在使用中遇到很多坑，现以实际一个c/c++程序为例，将遇到的问题进行整理，这个过程中主要参考的是官方的release_doc和官方论坛https://forum.hdfgroup.org，很多时候是小细节的问题，多注意就好 一.安装 1.安装包 官网下载,丢个链接,这里我下载的是win64.msi安装版本 https://www.hdfgroup.org/downloads 2.源码 源码也是在官网下载，然后源码目中参考release_
Python与HDF5数据处理
6. **可视化和分析**：Python有强大的可视化库如matplotlib和seaborn，以及数据分析库如pandas和numpy，这些库可以与HDF5结合，帮助用户探索和理解存储在HDF5文件中的复杂数据。 7. **应用广泛**：Python和HDF5的...
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