R语言：利用rhdf5包分别创建单组学，多组学.h5文件

hyena_7

已于 2022-09-02 14:18:04 修改

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分类专栏： R 数据分析文章标签： r语言生物信息

于 2022-09-02 10:04:09 首次发布

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最近在跑的方法需要.h5作为输入文件，就学习了一下怎么创建.h5文件，原有数据结构如下：
在这里插入图片描述

生成单组学.h5文件的代码如下：

library(rhdf5)
library(dplyr)
library(patchwork)
rna.data <- Read10X(data.dir='Processed_dataset/RNA',gene.column = 1)
atac.data <- Read10X(data.dir='Processed_dataset/ATAC',gene.column = 1)

dim(rna.data)
dim(atac.data)
###构建.h5文件
h5createFile("SNARE_cellline_atac.h5")
# Saving matrix information.
h5createGroup("SNARE_cellline_atac.h5","matrix")
h5write(atac.data@Dimnames[[2]] , "SNARE_cellline_atac.h5", "matrix/barcodes")
h5write(atac.data@x, "SNARE_cellline_atac.h5", "matrix/data")
dim(atac.data)
h5createGroup("SNARE_cellline_atac.h5","matrix/features")
h5write("genome", "SNARE_cellline_atac.h5", "matrix/features/_all_tag_keys")
Peaks <- rep("Peaks", length(atac.data@Dimnames[[1]]))
h5write(Peaks,"SNARE_cellline_atac.h5", "matrix/features/feature_type")
Genome <- rep("hg38", length(atac.data@Dimnames[[1]]))