使用linux批量引物设计,使用SSRMMD便捷、迅速与准确地进行：SSR位点检测，多态性SSR筛选，与批量SSR引物设计...

1.简介

SSRMMD (Simple Sequence Repeat Molecular Marker Developer) 是用Perl语言编写的软件，可以从组装序列(FASTA格式，例如：基因组或转录组)中检测完美的SSR位点和候选的多态性SSR。该软件还包含了一个名为connectorToPrimer3的程序，此程序提供了SSRMMD到Primer3的接口，使得可以轻松地进行批量SSR引物设计。

2.软件下载与安装

下载地址：https://github.com/GouXiangJian/SSRMMD

安装方法：不管是在linux还是在windows中运行，都是解压即用。

3.软件使用：SSR位点检测

3.1在linux中运行

[重要参数]

解压软件后，将当前工作目录切进软件内部(cd SSRMMD-master)，在命令行输入perl SSRMMD.pl -h，即可查看该软件的帮助文档，其中有几个参数对于SSR位点的检测比较重要，例如：

-f1 : 用于检测SSR位点的FASTA格式的文件 (必须提供该参数!)

-e : 指定检测SSR位点的方法 (默认设置: 0, 可选的值: 0 [这种方法速度更快], 1 [这种方法类似于MISA软件使用的方法])

-mo : SSR基序的阈值 (默认设置: 1=10,2=7,3=6,4=5,5=4,6=4 [其中, 等号左边是基序的长度, 等号右边是最小重复次数])

-l : SSR的侧翼序列的长度 (默认设置: 100)

-ss : 是否输出SSR的统计文件 (默认设置: 0, 可选的值: 0 [表示不输出], 1 [表示输出])

-t : 运行