MISA,英文全称为MIcroSAtellite identification tool,即微卫星识别工具。
MISA是使用 perl 编写的一支程序,能识别出序列中的微卫星和复合微卫星(两个微卫星之间由由不多于100bp的碱基对隔开),并给出其所在位点。
MISA用法:
$ misa.pl filename
misa.pl
其中,fastfile是序列文件,同时在运行程序的工作目录下必须有一个名称为“misa.ini”
的文件。该文件内容为:
definition(unit_size,min_repeats): 1-10 2-6 3-5 4-5 5-5 6-5
interruptions(max_difference_for_2_SSRs): 100
该文件指定了misa的参数,即1个碱基重复10次及10次以上;2个碱基重复6次及6 次以上;
3个碱基重复5次及5次以上;4个碱基重复5次及5次以上;5个碱基重复5 次及5次以上;6碱
基重复5次及5次以上,这样的碱基重复序列才算是微卫星序列。 同时,两个微卫星之间的距
离小于100bp的时候,两个微卫星组成一个复合微卫星。
MISA的输出结果:
MISA会在 Fastafile 所在的文件夹下生成两个文件,分别是 “.misa” 和 “.statistics”
".misa" :以表格的形式列出微卫星的类型和位点;
".statistics" :统计微卫星的类型和频数。
在MISA的下载页面中,提供了3个附加的 perl 脚本,分别是:Get_est_trimmer.pl,p3_in.pl 和 p3_out.pl。
由于MISA程序读取fasta文件中的序列ID,将序列ID中的空格用下划线 ”_” 填补了,所以在fasta文件中,其序列ID最好不要有空格。否则运行接下来的程序时,会出问题。
Get_est_trimmer.pl
针对EST序列,可以除去EST序列中短的序列和两端不明确的碱基。
p3_in.pl
输入 misa.pl 的输出结果,将引物设计的参数文件(模板,产物